Stage-ervaring Simon Vanackere BIO-INFORMATICA TAMPERE 2016

Tampere 3 de grootste stad van Finland (grootste binnenlandse stad Scandinavië) inwoners 2 Universiteiten :UTA en TAMK en hoge school: TUT Vroeger  industrie-/handelstad Nu  Gekende studentenstad Grenst aan 2 grote meren: Pyhäjärvi Näsijärvi (+100km lang) Met een stroomversnelling tussen de 2 meren

Tampere o Heeft zelf een luchthaven o 160km van Helsinki ◦1U30 met trein, 2U30 met bus (+/- 10 euro) o Temperatuur is gemiddeld rond 12 °C tussen april en mei. o Hartje winter tot meer dan -25°C!!!

Biomeditech Afdeling van UTA & TUT Vooral toegepast biomedisch onderzoek Ontwikkeling van computationele data-analysetools en modellen. Grotendeels: Analyse van prostaatkanker en borstkanker data.

Werk en collega’s o Chipseq/micro-array data analyse op publieke data. o Onderzoek is voor Kati Porkka o PHD-student aan University of Tampere o Mentors: o Matti Nykter, Professor Computational biology o Institute of Biosciences and Medical Technology, University of Tampere o Juha Kessili, Doctor Bio-informatics o Werkplaats o Afdeling op 5 de verdiep met een 20-tal collega’s. o Veel PhD-studenten en verschillende nationaliteiten.

Stage-onderwerp Relatie tussen Oestrogeen en borstkanker Bindt Oestrogeen receptor met BMP4-gen? Waar is de bindingsplaats tussen ER-receptor en BMP4. Wijzigt expressie BMP4 door oestrogeen-behandeling? Hypothese: Oestrogeen  downregulation of BMP4 TRUE/FALSE? Als TRUE:  BMP4 werkt borstkanker tegen. In de toekomst ipv. Behandeling borstkanker:  ipv oestrogeen gehalte te laten zakken  behandeling met BMP4… Estrogen:

Stage-onderwerp CHIP-seq oestrogeen-receptordata van Arrayexpress, ENA, GEO. CHIP-seq = Chromatine Immunoprecipiatie sequenering. Naast binding van ER met BMP4 wordt er ook gekeken naar: BMP4 receptors (ACVR1, BMPR1A, BMPR1B, ACVR2A, ACVR2B, BMPR2 Short, BMPR2 Long) TGF-  TGF-  receptors (T  R-I and T  R-II)

Stage onderwerp Workflow chip-seq: ◦Quality control data ◦Mapping (BOWTIE2) ◦Conversie format, indexing en sorting ◦Peakcalling (MACS2) ◦Visualizing (IGV) Micro-array data analyse: ◦R-program language ◦Veranderd de expressie van BMP4 en de andere gerelateerde genen onder invloed van oestrogeen behandeling?  wordt de expressie van BMP4 door ER geregeld?

Accomodatie o Mijn verblijf Rauhaniementie 26 o Appartement blok van TOAS (Tampere Student Housing Foundation) o Rauhaniementie + Lapinkaari (= studentenverblijf met alleen maar exchangestudents!) o Max 30 min te voet naar BioMediTech o Zeer dicht bij het meer en bos! o 10 min van centrum met bus (=30min te voet) o Ieder gebouw bevat Sauna o Meeste ook fitness o Rauhaniemi o Rustiger o Grotere kamer met keuken en badkamer gedeeld met 2 of 3

Accomodatie o Lapinkaari o Meer studentensfeer o Meer studenten en meer groepsactiviteiten o Kleinere kamers (gangen van +/- 20 kamers) o Prijs voor Lapinkaari/ Rauhaniemi o Tussen euro /maand o Inclusief WIFI, water (drinkbaar), bemeubeling (bed, kast, bureau) o

Accomodatie o Appartement bevat 2 wasmachines en droogruimte. LapinkaariRauhaniemi

Transport & communicatie o Veel locaties op wandel-afstand o Zeer goed bus-infrastructuur o Buskaart 34euro/maand (+1-malig 5euro) (ongelimiteerd met bus) o Heel veel bussen! (om de min) o Prepaid-kaart voor 22 euro/maand o Ongelimiteerd internet! o Zeer snel internet… o Contact o Bij problemen ivm. accomodatie, werkplaats, transport…  international office van UTA (University of Tampere) o

Voordelen o Inschrijven in universiteit o Internet op werk en universiteit o Studentenkaart o Aanvraag studentenkaart ◦Maaltijd op alle universiteiten, ziekenhuis voor 2,60 euro. ◦Korting op vele restaurants en musea! o Aanvraag tutor o Persoon die kan helpen met administratie, verkrijgen sleutel…

Pro’s o Erasmus-beurs: 435 euro /maand (=maximum budget) o Nooit veel cash geld nodig! Overal kan je met bankcontact betalen! o Heel veel Erasmus studenten in Tampere, ook veel Belgen. o Vele uitgaansmogelijkheden, iedere week wel iets te doen! o Busnetwerk o Zeer mooie natuur, bebossing. o Niet ver gelegen van Tallinn (Estland) en Sint-Petersburg (Rusland) o Bijna iedereen verstaat Engels. o Het noorderlicht is soms zichtbaar als je geluk hebt!

Pro’s o Via ESN FINT (Erasmus Student Network Finns and Internationals in Tampere) o Zeer goedkoop en leuke activiteiten doen: o Lasershooting o Sauna o Optredens o Feestjes o Trip naar Rusland, Lapland… o Bergbeklimmen o Snowboarden, skiën, schaatsen o ijshockey wedstrijd zien o … o Je leert vrienden voor het leven kennen! o Uw taalvaardigheid verbeterd. o Je leert zelfstandig te leven en met moeilijke situaties om te gaan.

Con’s o Kan in de winter zeer koud zijn! o Finnen zijn niet echt sociaal en blijven liever wat op de achtergrond. o Op de stageplaats wordt er niet veel gebabbeld (zeer stille werksfeer) o Op de stageplaats moet je zeer zelfstandig zijn, er worden niet veel richtlijnen gegeven. o Dranken zijn zeer duur, zeker alcoholische dranken. o Vanaf eind mei, begin juni gaat de zon steeds later onder. o Vanaf de eerste weken van juni kan men de middernachtzon waarnemen waarbij de zon dus niet meer ondergaat. o Hierdoor is er veel licht ‘s nachts en maakt het moeilijker om te slapen.

Con’s o In lapinkaari kan het dikwijls luidruchtig zijn. o De kamers bevatten zeer lichte gordijnen en sommige zeer slechte matrassen. o De huurder moet ook zelf zijn lakens, kookgerei voorzien (of huren). o Er zijn amper bakkerijen in Tampere, brood wordt hier niet veel gegeten. o Geen slagerij of vlees zoals we gewoon zijn in België. o Fins is zeer moeilijk om aan te leren.

Finnish things:

Tips o Bij het dichtdoen van de deuren binnenin uw appartement, worden deze vanzelf gesloten. o Altijd uw sleutel opzak hebben! o Anders sta je zoals mij na het douchen, (naakt) buitengesloten. o In mei/juni kan het ook behoorlijk warm zijn (rond de 20°C of zelfs meer), doe dus niet alleen maar winterkledij mee. Vanaf april is het niet uitzonderlijk koud meer… o Maak dat je jouw studentcard en inschrijving in de universiteit van Tampere voor je aankomst geregeld hebt. Dit voorkomt vele problemen… o Vergeet zeker geen lakens/slaapzak mee te doen.

Tips o Een internationaal passpoort kan handig zijn als je Sint-Petersburg wil bezoeken. o Naast Tallinn en Lapland is Riga en Stockholm ook zeker de moeite om te zien! o Er is de mogelijkheid tot het huren van een survivalkit (kookgerei, bestek, beddenlakens), dit kost 75 euro en je krijgt 60 euro terug bij vertrek (via de Universiteit). o Neem zeker eens een sauna, naast de sauna in uw gebouw zijn de publieke sauna’s zeker de moeite! Eerst sauna en dan in het ijskoude meer!