De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie LENGTE METEN VAN EEN GENOOM  Mol. Gew. E.coli genoom is 2.6 x 10 7 of 4.6 x.

Verwante presentaties


Presentatie over: "UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie LENGTE METEN VAN EEN GENOOM  Mol. Gew. E.coli genoom is 2.6 x 10 7 of 4.6 x."— Transcript van de presentatie:

1 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie LENGTE METEN VAN EEN GENOOM  Mol. Gew. E.coli genoom is 2.6 x 10 7 of 4.6 x 10 6 baseparen of 4600 KBP of 4.6 mega-baseparen.  Een helix bevat 10 baseparen en is 3.4 nm lang.  Lengte van de DNA draad is 4.6 x 10 6 x 0.34 nm = 1564  m. Grootte cel is ongeveer 1  m

2 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

3 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

4 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

5 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

6 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

7 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

8 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

9 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

10 Annealing Probe Primer Baseparing Enkelstrengig naar dubbelstrengig DNA DENATURATIE-RENATURATIE- HYBRIDISATIE

11 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie The result is a double stranded molecule organised in a double helix Note that the strands or oriented in the opposite direction The bases are connected via H-bridges: two H-bridges for the A=T pair and 3 for the G C pair

12 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie Native (Double helix) Denatured (random coil)

13 Melting curve: Tme

14 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

15 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

16 OD 260 /OD 280 tussen 1.8 en mg DNA per ml komt overeen met een OD 260 van ongeveer 2 OD 234 /OD 260 ongeveer 0.5 PARAMETERS VAN ZUIVER DNA

17 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

18 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

19 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

20 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

21 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

22 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

23 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

24 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie Comparison of prokaryotic cells and eukaryotic organelles Prokaryotic cellEukaryotic cell Eurakyotic organelles (mitochondria & chloroplasts) DNAcircularlinearcircular Histoneshistone-like yesno proteins Ribosomes70S80S70S ssu rRNA16S18S16S Growthbinary fissionmitosisbinary fission

25 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

26 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

27 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie MOLECULAIR KLONEREN Uit een komplex genoom een klein deel halen en inbrengen in een eenvoudige vector die zich zeer vlug kan vermenigvuldigen DNA vector mRNA cDNA Genoom bib cDNA bib vector transformatie

28 UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie

29 Restrictie en aantal fragmenten 4 x 10 6 BP (E. coli), kans op voorkomen van een restrictie site Is 1/ 4 n, waarin n het aantal basen is in de site aantal fragmentenfragment grootte (Nf=S/4 n ) Tetracutter4.6x10 6 /256=~ ~260 BP Hexacutter ~1000 ~ 4000 BP Octacutter ~ 60 ~ BP

30 DNA restrictiesplicing Genoom bib:10 9 cellen waarin al dan niet de vector met al dan niet een vreemd restrictiefragment cDNA bib:10 9 cellen waarin al dan niet de vector met al dan niet een vreemd exon Transformatie of transductie cDNAfragmentenIn vector

31 ln(1-p)  N = ln(1-f) N = aantal clones P = probabiliteit om een bepaalde sequentie op te sporen F = fractie van het genoom aanwezig in iedere clone Menselijk genoom wordt geschat op 3 x 10 6 KBP  Indien men veronderstelt dat in er in Lambda een insert van 17 KBP ingebouwd is, wordt : 1.7 x 10 4 f = x 10 9 en betekent dit dat 8.1 x 10 5 fagen nodig zijn om 99% kans te hebben dat om het even welk menselijk gen in op zijn minst één clone zal aanwezig zijn. Indien men pBR322 zou gebruikt hebben (insert van 5 KBP) dan zou de bibliotheek verschillende miljoenen klones moeten bevatten om het gehele genoom te bestrijken.

32 SCREENEN VAN DE BIBLIOTHEKEN 1.Welke gastheercellen bevatten de vector? 2. Bevat de vector vreemd DNA? 3. Identificatie van het vreemd DNA Via het DNAVia het eiwit

33 1.WELKE GASTHEERCELLEN BEVATTEN DE VECTOR?  Antibiotica resistentie  Lac Z complementatie

34 2. WELKE VECTOREN BEVATTEN VREEMD DNA?  Tweede antibiotica resistentie  Lac Z complementatie

35 Via het DNA: Probe via reverse translation cDNA, PCR technieken, Subtractieve hybridisatie. Via het eiwit indien het tot expressie komt: Immunologie, Western blot, Gevoelige signalisatie gebruiken IDENTIFICATIE VAN DE CLONES

36

37


Download ppt "UNIVERSITEIT GENT Faculteit Wetenschappen Laboratorium voor Microbiologie LENGTE METEN VAN EEN GENOOM  Mol. Gew. E.coli genoom is 2.6 x 10 7 of 4.6 x."

Verwante presentaties


Ads door Google