De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

Proteomics : De zoektocht naar functionaliteit in het post-genoom tijdperk.

Verwante presentaties


Presentatie over: "Proteomics : De zoektocht naar functionaliteit in het post-genoom tijdperk."— Transcript van de presentatie:

1 Proteomics : De zoektocht naar functionaliteit in het post-genoom tijdperk

2 1. Wat is proteomics? 2. Waarom proteomics? 3. Traditionele proteomics 4. Praktisch voorbeeld

3 Wat is proteomics ? De studie van de eigenschappen van proteïnen (graad van expressie, posttranslationele modificaties, interacties) op grote schaal om een globaal en geïntegreerd beeld te verkrijgen van netwerken van proteïnen, cellulaire processen en ziekteprocessen. Blackstock & Weir (1999), Trends Biotechn.3:

4 Relatie DNA-RNA-Proteïne GENOMICS (HUGO) PROTEOMICS (HUPO)

5 Relatie genoom - proteoom StatischDynamisch Complex Instructies Proteïnen

6 De studie van de eigenschappen van proteïnen: graad van expressie, posttranslationele modificaties, interacties op grote schaal om een globaal en geïntegreerd beeld te verkrijgen van netwerken van proteïnen, cellulaire processen en ziekteprocessen. Proteomics is...

7 Waarom proteomics ? - Analyse van genomen blijkt niet voldoende om de biologische functie op te helderen - Er is geen lineaire relatie tussen een gen en z’n proteïne complement in een cel - Expressie van een eiwit verandert tijdens groei, ziekte en dood van cellen, een weefsel of een organisme - Proteïnen spelen een belangrijke rol in pathogenese van een ziekte => onderzoek op eiwitniveau

8 - Proteomics zal bijdragen tot het beter begrijpen van de functie van een gen Daarom proteomics ! - Proteomics zal een belangrijke rol spelen in de zoektocht naar geneesmiddelen Proteomics is de link tussen genen, proteïnen en ziekte.

9 Traditionele proteomics 1. Twee-dimensionele gelelektroforese 2. Beeldanalyse 3. Massaspectrometrie 4. Bioinformatica

10 1. Twee-dimensionele gelelektroforese Principe : scheiden van proteïnen volgens lading en moleculair gewicht MW pH gradiënt

11 MW

12 2. Beeldanalyse ControleExperiment Informatie : 1. Positie van de spot (x,y) 2. Intensiteit van de spot (i) Analyse van de beelden : kwalitatief - kwantitatief

13 Uitknippen van de spot Op weg naar de massaspectrometer Digest van het eiwit Extractie van peptiden Ontzouten van het staal

14 3. Massaspectrometrie MALDI = Matrix assisted laser desorption ionization Electrospray ionization a) Het vormen van ionen

15 b) Analyse van ionen in TOF massaspectrometer Sequentie-informatie Massa’ s van peptiden Ionen meten volgens m/z

16 4. Bioinformatica - Data afkomstig van massaspectrometer : 1. Massa van peptiden 2. Sequentie-informatie - Data versturen naar databanken om proteïne te identificeren. Geen proteomics zonder genomics

17

18 Praktisch voorbeeld Controle muis Transgene muis Doel : invloed van transgenese in de hersenen van de muis - onderzoek naar beter inzicht in pathogenese van de Ziekte van Alzheimer (poster) In samenwerking met K.U.L. en Janssen Research Foundation. = muis dat genetisch gemanipuleerd is en een vreemd gen bevat in z’n genoom. In dit geval een gen dat codeert voor een eiwit mogelijks betrokken bij de ziekte van Alzheimer Proteomics analyse van transgene muizen

19 pH gradiënt3 10 MW (kDa) DE

20 MS/MS spot 503 Sequentie naar databank Spot 503 = zeta/delta protein

21 Tabel I : Lijst van geïdentificeerde eiwitten met een verschillend expressieniveau in htau transgene muizen Link met pathogenese?

22 Proteomics... - is het genoom aan het werk en dit is een dynamisch proces - karakteriseert en catalogeert proteïnen - bestudeert interacties tussen eiwitten en identificeert hun functie - zal bijdragen tot het beter begrijpen van genfunctie - vergelijkt variaties in graad van expressie van proteïnen tussen gezond en ziek - zal een belangrijke rol spelen in de ontdekking en ontwikkeling van geneesmiddelen

23 Sequencing the human genome is a fantastic feat, but we have a long way to go before we can understand how all those A’s, T’s, C’s and G’s add up to a Tiger Woods or a Britney Spears, says Stanley Fields in the journal Science.


Download ppt "Proteomics : De zoektocht naar functionaliteit in het post-genoom tijdperk."

Verwante presentaties


Ads door Google