De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

Acilityroteomicsijmegen NP F Eiwitonderzoek bij ziekten Jolein Gloerich.

Verwante presentaties


Presentatie over: "Acilityroteomicsijmegen NP F Eiwitonderzoek bij ziekten Jolein Gloerich."— Transcript van de presentatie:

1 acilityroteomicsijmegen NP F Eiwitonderzoek bij ziekten Jolein Gloerich

2 acilityroteomicsijmegen NP F VWO Bernardinuscollege Heerlen Natuur & Techniek profiel

3 acilityroteomicsijmegen NP F Scheikunde Universiteit Utrecht Waarom?  Uitdagende studie  Chemische processen in het lichaam Afstudeerrichting Biochemie

4 acilityroteomicsijmegen NP F Universiteit van Amsterdam Academisch Medisch Centrum  Promotie onderzoek  4 jaar  Laboratorium Erfelijke Stofwisselingziekten  Eiwitonderzoek

5 acilityroteomicsijmegen NP F Radboud Universiteit Nijmegen Universitair Medisch Centrum  Wetenschappelijk onderzoek  Laboratorium Kindergeneeskunde & Neurologie  Erfelijke stofwisselingsziekten  Nijmegen Proteomics Facility

6 acilityroteomicsijmegen NP F Overzicht  Inleiding Eiwitten en ziekte  Kijken naar alle eiwitten 2 technieken om eiwitten te scheiden  Identificatie van eiwitten Massaspectrometer  Wat hebben we hieraan???

7 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Eiwitten Onderzoek naar ziektes: eiwitten!!!

8 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Eiwitsynthese DNARNAEiwit

9 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Eiwitsynthese DNARNAEiwit

10 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Eiwitsynthese DNARNAEiwit

11 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Eiwitten  Aminozuren Verschillende eigenschappen  Basisch/zuur  Hydrofiel/hydrofoob  Lading

12 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Eiwitten  Aminozuren Verschillende eigenschappen  Volgorde aminozuren  Aantal aminozuren/massa

13 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Erfelijke ziekte

14 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Fout in DNA:  Eiwit met fout aminozuur: Geen invloed op functie Eiwit werkt niet meer  Geen eiwit aanwezig

15 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Erfelijke ziekte

16 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Erfelijke ziekte

17 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding

18 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Regulatie

19 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding  Alle eiwitten in een weefsel → proteoom  Kijken naar alle eiwitten → proteomics Hoeveel eiwitten zijn er ???? In totaal: ± eiwitten In een weefsel: ±

20 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding  Cel: alle genen aanwezig, maar niet alle eiwitten! Soorten eiwitten afhankelijk van functie:

21 acilityroteomicsijmegen NP F

22 NP F

23 NP F Inleiding Onderzoek naar ziekte Gezonde persoon Patiënt

24 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding Onderzoek naar ziekte Kijken naar verschillen in eiwitten: Aanwezig/afwezig Verschil in concentratie

25 acilityroteomicsijmegen NP F Inleiding  Probleem: 4000 verschillende eiwitten in weefsel Hoe kunnen we afzonderlijke eiwitten bekijken? Scheiden van elkaar

26 acilityroteomicsijmegen NP F Scheiding van eiwitten op lading  De lading van een aminozuur in oplossing is afhankelijk van de pH Het iso-elektrisch punt is de pH waarbij de netto lading van een aminozuur 0 is, dus evenveel postieve als negatieve ladingen

27 acilityroteomicsijmegen NP F Scheiding van eiwitten op lading  Een eiwit heeft ook een iso-elektrisch punt, dus een pH waarbij de netto lading 0 is pH=3pH=7 pH=9 Lading:

28 acilityroteomicsijmegen NP F Scheiding van eiwitten op lading Netto lading pH Iso-elektrisck punt

29 acilityroteomicsijmegen NP F Scheiding van eiwitten op lading Iso-Elektrische Focusing (IEF) pH Mengsel van eiwitten Elektrisch veld aanbrengen - + Scheiding op lading gelukt !!!

30 acilityroteomicsijmegen NP F Scheiding van eiwitten op massa zeef Gel van polyacrylamide Deze scheiding duurt heel lang….

31 acilityroteomicsijmegen NP F Scheiding van eiwitten op massa …. Hoe kunnen we het sneller maken? Alle eiwitten een negatieve lading geven met SDS…. …. een elektrisch veld ‘trekt’ (negatieve) eiwitten sneller door de gel Gel-elektroforese

32 acilityroteomicsijmegen NP F Moleculair gewicht (Mw) Scheiding van eiwitten op massa Gel-electroforese - +

33 acilityroteomicsijmegen NP F Moleculair gewicht (Mw) Scheiding van eiwitten op massa Gel-electroforese - +

34 acilityroteomicsijmegen NP F Scheiding van eiwitten op massa Gel-electroforese Moleculair gewicht (Mw)

35 acilityroteomicsijmegen NP F IEF Iso elektrisch punt Scheiding van eiwitten Lading EN massa - +

36 acilityroteomicsijmegen NP F IEF Iso elektrisch punt Scheiding van eiwitten Lading EN massa - + Moleculair gewicht SDS gel-elektroforese

37 acilityroteomicsijmegen NP F IEF Iso elektrisch punt Scheiding van eiwitten Lading EN massa - + Moleculair gewicht SDS gel-elektroforese

38 acilityroteomicsijmegen NP F Scheiding van eiwitten 2-D (lading en massa) Na kleuring van eiwitten: Kaart van bijna alle eiwitten in een weefsel veel eiwit weinig eiwit felle stipvage stip

39 acilityroteomicsijmegen NP F Vergelijking gezond-ziek  2-D scheiding van eiwitten uit weefsel van patient en controle  Nooit helemaal hetzelfde…

40 acilityroteomicsijmegen NP F Vergelijking gezond-ziek … daarom: tegelijkertijd patient en controle bekijken +  Mixen van eiwitten patient en controle  Alles op één hoop  Geen verschil meer te zien

41 acilityroteomicsijmegen NP F  Alle eiwitten krijgen een kleurlabel  Patient: ROOD  Gezond: GROEN Vergelijking gezond-ziek

42 acilityroteomicsijmegen NP F Vergelijking gezond-ziek  Groene en rode eiwitten mixen en in 1x scheiden met 2-D scheiding =ROOD =GROEN veel eiwit weinig eiwit felle stipvage stip

43 acilityroteomicsijmegen NP F Vergelijking gezond-ziek  Mix van groen en rood:  [eiwit]=[eiwit]: gele stip  [eiwit]>[eiwit]: groene stip  [eiwit]<[eiwit]: rode stip =ROOD =GROEN

44 acilityroteomicsijmegen NP F Vergelijking gezond-ziek  Vooral groene en rode stippen zijn verschillend in patient en controle  Welke eiwitten zijn dit?? =ROOD =GROEN

45 acilityroteomicsijmegen NP F Identificatie van interessante eiwitten  Stipje uit de gel snijden:  Elke stip is 1 eiwit  Maar welk eiwit is dit?? =ROOD =GROEN

46 acilityroteomicsijmegen NP F Vergelijking gezond-ziek Eiwit isoleren IEF Gel elektroforese `` Eiwit Uit gel snijden Interessant eiwit Eiwit zit nog in gel Voor identificatie: eiwit uit gel halen Hoe??

47 acilityroteomicsijmegen NP F Eiwit identificatie Eiwit in gel Digestie met trypsine Trypsine: enzym betrokken bij eiwitafbraak. Knipt na elke Arg en Lys Peptiden Uit gel door diffusie

48 acilityroteomicsijmegen NP F Eiwit identificatie Massaspectrometrie Combinatie van peptiden Uniek voor een eiwit Ook de combinatie van massa’s is uniek voor dit eiwit! Massa’s kun je meten met een massaspectrometer

49 acilityroteomicsijmegen NP F Identificatie van een eiwit

50 acilityroteomicsijmegen NP F Massaspectrometrie van peptiden Massaspectrometer: Weegschaal voor ionen Massa/lading (m/z) Dus: peptiden ioniseren!!!

51 acilityroteomicsijmegen NP F Massaspectrometrie Ionisatie van peptiden Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization (MALDI)

52 acilityroteomicsijmegen NP F Massaspectrometrie Ionisatie van peptiden MALDI plaatOpbrengen van peptiden/matrix mix

53 acilityroteomicsijmegen NP F Massaspectrometrie Massaspectrometer (MS) Detector Laser TOF-MS Molecular weight Intensity Time of Flight (ToF) MS + Lichte ionen Vliegen sneller Dan zware ionen

54 acilityroteomicsijmegen NP F Massaspectrometrie Massaspectrometer (MS)

55 acilityroteomicsijmegen NP F Vergelijking gezond-ziek IEF Gel elektroforese `` Eiwit Uit gel snijden Interessant eiwit ToF MS Identificatie Eiwit !!!

56 acilityroteomicsijmegen NP F Vergelijking gezond-ziek Welke eiwitten verschillen? We weten welke eiwitten in concentratie verschillen… … Wat kunnen we daarmee???? Test maken voor diagnose van ziekte

57 acilityroteomicsijmegen NP F Vergelijking gezond-ziek Welke eiwitten verschillen? We weten welke eiwitten in concentratie verschillen… … Wat kunnen we daarmee???? Leren wat er precies gebeurt In een weefsel bij een ziekte Welke eiwitten spelen een rol? Belangrijk voor ontwikkeling medicijnen

58 acilityroteomicsijmegen NP F Laboratorium Kindergeneeskunde en Neurologie Proteomics unit:Dr. Bert van den Heuvel Dr. Jolein Gloerich Ing. Maurice van Dael Ing. Lambert Lambooy Ing. Hans Wessels


Download ppt "Acilityroteomicsijmegen NP F Eiwitonderzoek bij ziekten Jolein Gloerich."

Verwante presentaties


Ads door Google