Zoeken naar Rho's Jullie hebben met BLAST gezocht naar Rho in planten...  En die hebben jullie gevonden, maar... Lijken ze meer op Rac, Rho of Cdc42?

Presentatie over: "Zoeken naar Rho's Jullie hebben met BLAST gezocht naar Rho in planten...  En die hebben jullie gevonden, maar... Lijken ze meer op Rac, Rho of Cdc42?"— Transcript van de presentatie:

1 Zoeken naar Rho's Jullie hebben met BLAST gezocht naar Rho in planten...  En die hebben jullie gevonden, maar... Lijken ze meer op Rac, Rho of Cdc42?  Dat is belangrijk als we meer willen weten over de werking van ROPs  Gedragen ze zich meer als Rac of als Rho?

2 ROP's, Rho's en Rac's Jullie hebben gezien dat:  Cdc42 lijkt meer op Rac dan Rho  Rac lijkt meer op Cdc42 dan Rho  Rho lijkt zowel op Rac als op Cdc42 Cdc42Rac Rho

3 ROP's, Rho's en Rac's Hoe zit dat met ROPs? 1)Rho lijkt meer op Rac en Cdc42 dan op ROP 2)Rac lijkt meer Cdc42 en ROP dan op Rho 3)Cdc42 lijkt meer op Rac en Rho dan op ROP Cdc42Rac Rho

4 ROP's, Rho's en Rac's Om duidelijkheid te krijgen hebben jullie geblast met ROP 1)Rho lijkt meer op Rac en Cdc42 dan op ROP 2)Rac lijkt meer Cdc42 en ROP dan op Rho 3)Cdc42 lijkt meer op Rac en Rho dan op ROP 4)ROP lijkt meer op Rac dan op Cdc42 en Rho Cdc42Rac Rho

5 Phylogenie BLAST is een handige tool om vergelijkbare sequenties te zoeken, maar  Is gebouwd voor snelheid, dus minder accuraat  BLAST vergelijkt maar twee sequenties met elkaar Meer sequenties tegelijk geeft meer informatie 1. xxxKKR-KRxx 2. xxxKKKSRxxx 1. xxxKKRKRxxx 3. xxxKK-KRRxx 1. xxxKKRKRxxx 2. xxxKKKSRxxx 3. xxxKKKRRxxx 2. xxxKKKSRxxx 3. xxxKKKRRxxx Per twee Alle drie tegelijk

6 Phylogenie Door verschillende sequenties onderling te vergelijken krijgen we een beter beeld

7 Phylogenie Hoe zijn Rac, Rho, Rop en Cdc42 geëvolueerd?  We vergelijken onze boom met de Tree of Life

8 Phylogenie

9 En? Regelen ROPs polariteit? Arabidopsis thaliana Rop GTPases are localized to tips of root hairs and control polar growth Figure 6 Immunolocalization of Rop proteins in the root hair-forming zone of Arabidopsis roots using confocal microscopy. (A–F) Sequence of root hair formation showing early establishment of a Rop-positive bud site (A and B), bulging (C), tip-growth (D and E) and Rop-negative finished root hair (F). Images are oriented with the root tip up. Bar, 20 mum. (G–J) Rop localization in trichoblast cell files of inhibitor-treated seedlings. Control (G), cytochalasin D (H), caffeine (I) and BFA (J). Images are oriented with the root tip left. Bar, 25 mum. Arthur J Molendijk et al. The EMBO Journal (2001) 20, 2779–2788 Gedragen ROPs zich meer als Rac of als Rho?

10 Phylogenie Zal ROP zich meer als Rac of als Rho gedragen?

11 Gedragen ROPs zich meer als Rac of als Rho? Arthur J Molendijk et al. The EMBO Journal (2001) 20, 2779–2788 ROP gedraagt zich als Rac! Zowel Rac als ROP zitten aan de voorkant van de cel.

12 Rho GEFs in planten Planten hebben Rho, maar... Geen RhoGEFs zoals in dieren...  Maar wat zet de ROP's dan aan?

13 Rho GEFs in planten Rho en RhoGEF hebben fysieke interactie Yeast-2 Hybrid kun je gebruiken om die interactie te meten GEF Reporter Gen DNA GAL4 BD Eiwit X Eiwit Y GAL4 AD Rho GAL4 Promotor RNA polymerase

14 Een blauwe kolonie: interactie tussen X en Y!

15 Rho GEFs in planten Berken et al. hebben op die manier in 2005 ROP GEFs gevonden  PRONE eiwitten: Plant-specific ROP nucleotide exchanger  Maar ze lijken totaal niet op andere RhoGEFs! We konden ze daarom niet vinden met BLAST

16 Rho's, ROPs en GEFs Dus planten hebben Rho  En dezelfde RhoGAPs  Maar wel totaal andere GEFs! Maar waarom dan? En hoe is dat dan gekomen?  GEFs en GAPs bepalen in grote mate de activiteit en functie van Rho  Planten hadden blijkbaar behoefte aan een andere regel mechanisme, maar...

17 Bioinformatica Eigenlijk hebben we (nog) geen idee Maar met bioinformatica kunnen we  Genomen vergelijken en genen ontdekken  Functie voorspellen  Terug kijken in de geschiedenis naar de voorouder en reconstrueren wat er is gebeurd  Combineren met bv interactie data