Hoe schat je merker effecten?
Om de effecten van SNP-merkers op een bepaald kenmerk te kunnen schatten, moeten we een proef doen waarbij we het kenmerk aan de paarden meten en we moeten de paarden genotyperen. Vervolgens delen we de paarden in in groepen op basis van het genotype voor een merker. Vervolgens berekenen we het gemiddelde van elke genotype-groep verschillend of niet? Hierna wordt dat in een animatie geillustreerd
SNP-effecten schatten – indeling op eerste merker b a A B b a B b Eerst deel je de paarden in groepen op basis van het eerste merker, dus AA bijelkaar en Aa en aa. Dan kijk je of de gemiddelde schofthoogte van elke groep verschilt a b A b A B A B a b a B A B a A b AA Aa aa gemiddelde =168 =168.3 =167.9 De gemiddelden van de genotype-groepen zijn klein, dus de eerste merker heeft geen effect op schofthoogte
SNP-effecten schatten – indeling op tweede merker zijn de verschillen significant?? A B b A b a a B b a b A b A B A B a b a B A b A B a BB Bb bb gemiddelde =169.7 =168.0 =165.5 De verschillen tussen de genotype groepen van het tweede merker zijn wel groot, dus deze merker heeft wel een effect
In dit voorbeeld was het verschil tussen de genotype-groepen van de eerste merker zeer klein. Het verschil tussen de genotype-groepen van de tweede merker waren wel groot. Dus de tweede merker heeft wel een effect op schofthoogte. (eigenlijk moeten we zeggen dat de 2e merker gerelateerd is aan genen van schofthoogte)
In de praktijk worden paarden gegenotypeerd met enkele tienduizenden tot honderduizenden SNP-merkers Dan worden de SNP-effecten gelijktijdig geschat in een analyse. Maar het principe blijft precies hetzelfde