Datamodellering en –verwerking 8C020 college 9
Terugblik college week 8 Toepassingen van Petri-netten in bioinformatica Biologische schakelaars en oscillatoren – Repressilator
Onderwerpen college week 9 SQL Join Booleanse netwerken Motieven in biologische netwerken Oefeningen
INNER JOIN Keyword(keyword_id,word,…) KeywordGene(keyword_id,gene_id) Gene(gene_id, sequence,…) SELECT word FROM keyword WHERE keyword_id IN SELECT keyword_id FROM keywordGene WHERE gen_id IN SELECT gen_id FROM gene WHERE sequence LIKE “*ATTAGT*”
INNER JOIN Zonder Joins: SELECT Keyword.word, Gene.sequence FROM Keyword, KeywordGene, Gene WHERE Gene.sequence LIKE “*AAATTT*” AND (Keyword.keyword_id=KeywordGene.keyword_id) AND (KeywordGene.gene_id=Gene.gene_id)) Met Joins: SELECT Keyword.word, Gene.sequence FROM Gene INNER JOIN (Keyword INNER JOIN KeywordGene ON Keyword.id = KeywordGene.keyword_id) ON Gene.id = KeywordGene.gene_id WHERE (((Gene.sequence) LIKE "*AAATTT*"));
Petri-netten als Genetische (Regulatie) Netwerken g1g2 Inhibitie (Remmen) g1 g1’ g2 g2’ Activatie g1 g1’ g2 g2’ g1g2 t2,1 t1 t2,1 t1
Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken g2 g2’ g1 g1’ g3 g3’ t3,1 t1,2 t2,3 t3,1 t1 t2t3t1 g1g2 g3 Positieve terugkoppeling (Eind toestanden)
Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken g2 g2’ g1 g1’g3’ g3 g1g2 g3 Negatieve koppeling (oscillaties) t3,1 t1,2 t2,3 t3,1 t1 t2t3t1
Motieven (patronen) in netwerken met drie genen (Alon et al.) Bron: publicaties van Uri Alon
Motieven in echte biologische en random netwerken Bron: publicaties van Uri Alon
Types van Feed Forward Loop Netwerken Bron: publicaties van Uri Alon