Datamodellering en –verwerking 8C020 college 9. Terugblik college week 8 Toepassingen van Petri-netten in bioinformatica Biologische schakelaars en oscillatoren.

Slides:



Advertisements
Verwante presentaties
Synthetische Biologie Endy 2005 Nature • synthetische biologie is ‘de ingenieursvisie op biologie’ • combineert biologie.
Advertisements

Module 7 – Hoofdstuk 5 (1) SQL – een begin.
Datamodellering en –verwerking 8C020 college 5. Terugblik college 4 • Zeikenhuis (RM) • Querytalen • SQL – Inleiding – Data definitie – Data manipulatie.
Hogeschool van Amsterdam - Interactieve Media – Internet Development – Jochem Meuwese - -
Meerdere tabellen: Relaties en Joins
Hogeschool van Amsterdam - Interactieve Media – Internet Development – Jochem Meuwese - -
PHP & MYSQL LES 03 PHP & DATABASES. PHP & MYSQL 01 PHP BASICS 02 PHP & FORMULIEREN 03 PHP & DATABASES 04 CMS: BEST PRACTICE.
Relationele databases en
Module 7 – Hoofdstuk 5 (4) SQL – voorwaarden aan groepen en meerdere tabellen.
MySQL-acties Klassikaal: Wijnen.sql. 1.Toon alle wijnen die er zijn. Toon de naam, kleur en prijs. SELECT `naam`,`kleur`,`prijs` FROM `wijnen`
Hogeschool van Amsterdam - Interactieve Media – Internet Development – Jochem Meuwese - -
Het selecteren van data uit meerdere gekoppelde tabellen
Hogeschool van Amsterdam - Interactieve Media – Internet Development – Jochem Meuwese - -
Databases.
<Mdl01 hoorcollege 1>
W ORD P RESS TECHNISCHE ACHTERGROND Kris Cardinaels 26 maart 2013.
LauwersCollege Buitenpost Informatica
Hogeschool HZ Zeeland 19 augustus 2003augustus 2003 Data Structuren & Algoritmen Week 5.
Inleiding Databanken: oefeningen 4 Sven Casteleyn 4 Lokaal: 6G HomePage: te bereiken via
Computervaardigheden en Programmatie Universiteit AntwerpenDatabank - Gevorderden 5.1 Computervaardigheden en Programmatie 1rste BAC Toegepaste Biologische.
Computervaardigheden en Programmatie Universiteit AntwerpenDatabank - Basis 4.1 Computervaardigheden en Programmatie 1rste BAC Toegepaste Biologische Wetenschappen.
Download en installeer de gereedschappen
Download en installeer de gereedschappen
Hogeschool van Amsterdam - Interactieve Media – Internet Development – Jochem Meuwese - -
Hogeschool van Amsterdam - Interactieve Media – Internet Development – Jochem Meuwese - -
Agenda Boek: inhoud en didactiek De SQL-Boekverkenner Practicum.
Aanpassing planning Volgende week: geen practicum maar Basisstof 3
Databases.
Presentatie bij hoofdstuk 12 van Informatica Edu’Actief
Woordpakket 2.
Het ideale fairtrade team
Laat software voor je werken
Oefeningen lensconstructies
LauwersCollege Buitenpost Informatica
Datamodellering en –verwerking 8C020 college 6
Datamodellering en –verwerking 8C020 college 7
7 Databases. SAMENGESTELDE VOORWAARDEN 1 Wat is het adres van Odile Goossens? SELECT adres, woonplaats FROM leden WHERE naam = ‘Goossens’ AND voornaam.
Computervaardigheden Hoofdstuk 4 — Databank (Basis)
Datamodellering en –verwerking 8C020 college 9. Terugblik college week 8 Terugkoppeling opdracht deel A Toepassingen van Petri-netten in biologie Oefeningen.
Join Indices … as a tool for Spatial Datamining. Inhoud Inleiding Spatial Relations (Spatial) Join Index Implementatie Conclusie.
Deltion College Engels B2 Schrijven [Edu/005] thema: Writing a hand-out can-do: kan een begrijpelijke samenvatting schrijven © Anne Beeker Alle rechten.
24/04/2015IT-Assurance1 IT-Assurance deeltijd 4. Inleiding SQL Introductie in de basisfuncties Bijbehorend lesmateriaal: -AIV-boek van Derksen en Crins.
1 July SQL Les July Agenda Herhaling Herhaling Stored Procedures Stored Procedures Oefeningen Oefeningen User Defined Functions User.
2 August SQL Les August Agenda Herhaling Herhaling Cursors Cursors MS SQL Server and MS Excel MS SQL Server and MS Excel Oefeningen.
Hogeschool van Amsterdam - Interactieve Media – Internet Development – Jochem Meuwese - -
Les 0 Structured Query Language SQL. Programma Les 0 – Introductieopdracht Les 1 Les 2 Les 3 Schriftelijke toets.
Kom verder. Saxion. Minor Internet Marketing SEA | Les 4. Social Media I.
ANALYSE 3 INFANL01-3 WEEK CMI Informatica.
ANALYSE 3 INFANL01-3 WEEK CMI Informatica.
BIMAIV03 Les A1 BIMAIV03 Les A1 Databases. De gegevens in een database vormen de grondstof voor informatie De informatie wordt opgevraagd in de taal met.
Week 2 : Ontwikkelingspsychologie, Liesbeth van Beemen:
Week 3 BIRAIV03 Les B6 BIRAIV03 Les B6. naamtype A. JanssenLunare P. GerritsenGratea J. MolenaarTerra J.M. de WitTerra H.A.M. GeelsbergenLunare T. van.
ANALYSE 3 INFANL01-3 WEEK 6 CMI Informatica. ANALYSE 3- INFANL01-3 ▸ Vorige les ▸ Subqueries met correlaties ▸ Subqueries zonder correlaties ▸ Views ▸
BIMAIV03 Les A6 BIMAIV03 Les A6. Het resultaat van een query (1) BOEKEN SELECT MAX(prijs) FROM boeken; SELECT MAX(prijs) FROM boeken; BOEKNRTITELUITGEVERPRIJS.
“IT’S THE DATA STUPID..!” WAGENINGEN UNIVERSITEIT EN RESEARCH CENTRE.
Wat is SQL (1)? SQL (Structured Query Language):  is een zeer krachtige taal met een beperkt vocabulaire (aantal ‘woorden’)  is declaratief (‘WAT’ niet.
1Informatica in de Tweede Fase Frans Peeters 7 maart 2007 Deze presentatie is downloadable van
DBS22 - Recap PL/SQL Wilrik R1_4.44
Databases.
ASP.NET MVC Web Development
Informatie-analyse 1: Er zijn veel manieren om een database te vullen
Databases.
SQL Les 3 23 February 2019.
Hoofdstuk Hoofdstuk 4 Elektriciteit Wat gaan we vandaag doen? Opening
SQL Les 9 12 May 2019.
SQL Les 4 12 May 2019.
– Software development fundamentals
SQL Les May 2019.
Software Development fundamentals
Databases SQL.
Transcript van de presentatie:

Datamodellering en –verwerking 8C020 college 9

Terugblik college week 8 Toepassingen van Petri-netten in bioinformatica Biologische schakelaars en oscillatoren – Repressilator

Onderwerpen college week 9 SQL Join Booleanse netwerken Motieven in biologische netwerken Oefeningen

INNER JOIN Keyword(keyword_id,word,…) KeywordGene(keyword_id,gene_id) Gene(gene_id, sequence,…) SELECT word FROM keyword WHERE keyword_id IN SELECT keyword_id FROM keywordGene WHERE gen_id IN SELECT gen_id FROM gene WHERE sequence LIKE “*ATTAGT*”

INNER JOIN Zonder Joins: SELECT Keyword.word, Gene.sequence FROM Keyword, KeywordGene, Gene WHERE Gene.sequence LIKE “*AAATTT*” AND (Keyword.keyword_id=KeywordGene.keyword_id) AND (KeywordGene.gene_id=Gene.gene_id)) Met Joins: SELECT Keyword.word, Gene.sequence FROM Gene INNER JOIN (Keyword INNER JOIN KeywordGene ON Keyword.id = KeywordGene.keyword_id) ON Gene.id = KeywordGene.gene_id WHERE (((Gene.sequence) LIKE "*AAATTT*"));

Petri-netten als Genetische (Regulatie) Netwerken g1g2 Inhibitie (Remmen) g1 g1’ g2 g2’ Activatie g1 g1’ g2 g2’ g1g2 t2,1 t1 t2,1 t1

Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken g2 g2’ g1 g1’ g3 g3’ t3,1 t1,2 t2,3 t3,1 t1 t2t3t1 g1g2 g3 Positieve terugkoppeling (Eind toestanden)

Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken g2 g2’ g1 g1’g3’ g3 g1g2 g3 Negatieve koppeling (oscillaties) t3,1 t1,2 t2,3 t3,1 t1 t2t3t1

Motieven (patronen) in netwerken met drie genen (Alon et al.) Bron: publicaties van Uri Alon

Motieven in echte biologische en random netwerken Bron: publicaties van Uri Alon

Types van Feed Forward Loop Netwerken Bron: publicaties van Uri Alon