Informatie- en onderzoeksvaardigheden Project BM2 Week 2 1 Biologische informatie in de 21e eeuw 2 Wetenschappelijke artikelen: wat zijn het, hoe zien ze eruit en hoe vind je ze? Informatie- en onderzoeksvaardigheden Project BM2 Week 2

Biologische informatie in de 21e eeuw

Biologische informatie in de vorige eeuw Vanaf wanneer hebben we internet? Hoe kwam een bioloog aan zijn informatie voor de komst van het internet? Welke informatie heeft een bioloog zoal nodig om onderzoek te kunnen doen?

Biologische informatie in de 21e eeuw Internet Explosie van data Genoomprojecten De ‘omics’ technologieën In research en diagnostiek Essentieel: Databases Koppeling van gegevens in databases Zoek-interfaces

Soorten biologische informatie Verschillende categorieën biologische informatie, elk met eigen databases Mijns inziens beste verzameling databases met beste zoekinterface: NCBI Entrez Ook een goede bron voor met name informatie over eiwitten: Expasy

De ‘oude genetica’ Van ziekte naar gen Ziektes veroorzaakt door: Extra of missende (stukken van) chromosomen Bv. Down syndroom Een puntmutatie in een gen Bv. cystic fibrosis, Marfan syndroom, fragile-x syndroom, sikkelcelanemie ‘Bevattelijkheid’ voor aandoeningen heeft vaak een genetische component

De nieuwe genetica DNA-volgordes van het hele genoom van allerlei organismen bepalen Van gen naar eigenschap/ziekte Hele genoom tegelijkertijd bestuderen: genomics (-omics is big business)

Databases EN tools (programma’s, software) Bio-informatica Databases EN tools (programma’s, software)

Databanken Van de genen, eiwitten en functies bestaan inmiddels vele en hele grote databanken. Daarmee kun je allerlei vergelijkingen en zoekopdrachten doen. Heb je bijvoorbeeld een eiwit bij een persoon gevonden dat een ziekte veroorzaakt, dan kun je in die databanken kijken of zo'n eiwit al eerder gevonden is en wat dat eiwit in het lichaam doet. Zo wordt het mogelijk om sneller een medicijn te ontwikkelen of een test om die ziekte vroegtijdig aan te tonen.

Diagnostiek Voorbeelden medische microbiologie: Identificatie Epidemiologie Voorbeelden klinische chemie: DNA-diagnostiek Kankerdiagnostiek Koppeling van grote hoeveelheden data van patiënten

Leermoment: Biologisch en medisch onderzoek wordt steeds meer een informatie-wetenschap Zoeken, verwerken en opslaan van grote hoeveelheden data steeds belangrijker Computer onmisbaar

Public domain bioinformatics servers Facilities National Center For Biotechnology Information (NCBI) United States European Bioinformatics Institute (EBI) United Kingdom Genome Net (KEGG & DDBJ) Japan Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes Databases Analysis Tools Databases Analysis Tools Databases Analysis Tools

NCBI ENTREZ A platform that provides access to and links to databases with biological information ENTREZ Taxonomy OMIM GenBank Protein databases Genomes PopSet Others! PubMed PubMed is the tool that you use to explore the database called Medline. Software programs and databases. Yellow = databases. Reaquaint NCBI Handbook

Wetenschappelijke artikelen Wat zijn het, hoe zien ze eruit en hoe vind je ze?

Bronnen Onderscheid primaire en secundaire bronnen http://www.rug.nl/noordster/schriftelijkevaardigheden/voorstudenten/bronliteratuurgebruik/literatuuronderzoek Veel gebruikt in onderwijs: internet (boeken) Veel gebruikt in onderzoek (stage, onderzoeksgroepen op school, afstudeerproject): wetenschappelijke artikelen

Wetenschappelijke artikelen ”A naturalist’s life would be happy one if he had only to observe and never to write” - Charles Darwin. MAAR: 80-90 % van onderzoek is hergebruik van eerder onderzoek Vanuit iets ouds ontstaat iets nieuws Newton: ‘standing on the shoulders of giants’ DUS: In de wetenschap is een onderzoek pas af als de behaalde resultaten gepubliceerd zijn ’Publish or perish!’

Doelen van een wetenschappelijk artikel Compact en helder verhaal waarin men een de resultaten van een onderzoek presenteert en interpreteert Dat doen jullie ook in jullie verslagen! Duidelijk maken dat het gaat om unieke (nieuwe) en belangrijke bevindingen Duidelijk maken wat de reikwijdte is van de gevonden resultaten

Why Conduct a Literature Search? for designing new research projects for keeping track of the most recent developments in the field for getting technical information for writing a scientific report/paper for tracking other scientists’ research direction

Wetenschappelijke tijdschriften Voorbeelden: LinkOut Journals Free Medical Journals

’IMRAD format’ (meest gebruikt) Introduction (Inleiding) Methods Results and Discussion What problem was studied? What others and you did? How do you did it? What you found out? What your findings mean?... and future plans Overige onderdelen: Titel - Auteurs (en waar ze werken) - Keywords - Referenties (bronnenlijst) - Dankwoord (Acknowledgements) Twee voorbeelden: http://jb.asm.org/cgi/reprint/174/4/1280 Lancet-artikel.

Title Descriptive, informative & short (10-12 words). Makes objective of study clear & contains key words titles used by library search engines & retrieval systems. Should NOT confuse reader with knowledge in the field.

Abstract Provides enough information to enable reader to determine: What they did How they did it Their major results The significance of their results Read quickly to assess relevance & quality of paper Is written after the rest of the paper

Introduction Provides a context for the research described Motivates the reader & reviews the relevant literature (= background, previous knowledge) Ends with clearly defined hypothesis being tested & focused objectives of study; what do they plan to present? ”Reading a scientific article isn’t the same as reading a detective story. We want to know from the start that the butler did it.” (Ratnoff, 1981)

Materials & Methods Should make research reproducible Details experimental design Describes equipment used Defines formulas and symbols Identifies statistical approach No list, written out protocol This section usually has subheadings; when possible these are matched to those used in Results Somebody working in the field should be able to reproduce the procedures

Results Data are displayed with logical development showing how the findings satisfy the objectives Tables and figures (verwijzing vanuit tekst!!) ”The fool collects facts; the wise man selects them” (J. W. Powell, 1888)

Discussion Structured like pyramid Meaning of findings is described Specific findings to broader context Meaning of findings is described What is the story of data? Interpretations of, conclusions from, & discussion of significance of results; verbanden Ends with summary/conclusion on significance of the work presented Additional hypotheses developed from results & suggestions for future studies

Literature Cited This list references… only the literature (articles, books, …) used in the paper Elk artikel waarnaar men verwijst, heeft men ook gelezen/gebruikt! Articles within body of paper are cited in one of three ways: 1) Jones et al. (1987) found strong evidence for a relationship between depth and diet. 2) A relationship between depth and diet has been demonstrated in several pelagic fishes (Jones et al. 1987). 3) A relationship between depth and diet has been demonstrated in several pelagic fishes (13).

Van gedrukt naar digitaal Overgang in informatiemarkt Uitgevers vs. self-publishing Zoeksystemen, ingangen, databases veranderen regelmatig E-artikelen bij tijdschriften na 1995, maar ook steeds meer ‘backfiles’ (gescand)

Google Scholar Wetenschappelijke publicaties bij uitgevers en universiteiten/auteurs Mogelijkheden vanuit resultatenlijst divers: soms direct full text, soms indirect, soms alleen citatie 50-80 miljoen records, gebruik dus veel termen! Bevat citatieinformatie! (“cited by”) Verschillende ‘versies’ van een artikel te vinden (anders dan bij Entrez)

Google Scholar http://scholar.google.com Zeer handig als je precieze gegevens hebt over artikel Bij voorkeur ‘advanced’ gebruiken Je vindt meerdere bronnen voor hetzelfde artikel (als je pech hebt moet je bij allemaal betalen voor het artikel, als je geluk hebt is het artikel bij een of meer bronnen gratis)

Literature Databases At NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Literature/ LinkOut Journals Saxion: http://www.saxionbibliotheek.nl Other life science literature databases Science Direct (voor meeste artikelen abonnement nodig, maar in dat geval via mij te bestellen) Wiley InterScience (voor meeste artikelen abonnement nodig, maar in dat geval via mij te bestellen) Free Medical Journals Look at the CSULA library Pub Med Central is agreement by journals to put freely accessible on a central database – if it’s there.

Artikelen lezen http://www.lib.purdue.edu/phys/inst/scipaper.html#mainmenu Meer links spoedig op www.bioplein.nl