Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices Doelstelling: Berekenen van een aantal courante indices voor lokale en regionale biodiversiteit, standaardisatie naar staalgrootte, opstellen van rank-abundance plots in MS excel en inleiding tot het gebruik van PRIMER. Formules in excel voor de berekening v.d. parameters: het aantal soorten: COUNTIF(range;">0") het aantal individuen: SUM(range) Opgaves en datasets: zie minerva

Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices 1. Schatten van de totale soortenrijkdom 1) Vergelijk de stalen van ongelijke grootte uit dataset 1 m.b.v. rarefaction: Hoeveel soorten zou je verwachten indien val A ook slechts 13 individuen zou bevatten? 2) Bereken de geschatte soortenrijkdom van de Wye rivier op twee verschillende stations m.b.v. de Chao schatter. 3) Ga na in hoeverre de Collembola (dataset 2) het geometrisch model volgen. Zoek k tussen 0,43 en 0,46. Maak een tabel met geobserveerd aantal individuen en het aantal verwachte individuen. Bereken de correlatie tussen de gemeten en de berekende waarden.

Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices 1. Schatten van de totale soortenrijkdom 1) Vergelijk de stalen van ongelijke grootte uit dataset 1 m.b.v. rarefaction: Hoeveel soorten zou je verwachten indien val A ook slechts 13 individuen zou bevatten? Rarefaction: Combinatie: Met: N = aantal individuen Ni = aantal individuen i-de soort n = standaard aantal individuen

Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices 1. Schatten van de totale soortenrijkdom 2) Bereken de geschatte soortenrijkdom van de Wye rivier op twee verschillende stations m.b.v. de Chao schatter. Met: a het aantal singletons b het aantal doubletons. Sobs stelt het aantal getelde taxa voor Wanneer b gelijk is aan 0, wordt de noemer in de tweede term gelijkgesteld aan 1

Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices 1. Schatten van de totale soortenrijkdom 3) Parametrische modellen: Ga na in hoeverre de Collembola dataset het geometrisch model volgt. Zoek k tussen 0,43 en 0,46. Maak een tabel met geobserveerd aantal individuen en het aantal verwachte individuen. Geometrisch model met: k= het aandeel die elke soort inneemt van de beschikbare niche, ni= het aantal individuen van de i-de soort, N= totaal aantal individuen.

Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices 1. Schatten van de totale soortenrijkdom 3) Parametrische modellen: Ga na in hoeverre de Collembola dataset het geometrisch model volgt. Zoek k tussen 0,43 en 0,46. Maak een tabel met geobserveerd aantal individuen en het aantal verwachte individuen. is een constante die er voor zorgt dat: K wordt bepaald door iteratie Nmin: laagste aantal individuen

Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices 2. Berekenen van diversiteitsindices 4) Ga na in hoeverre de diversiteit van vogels in een oorspronkelijk bos en een aangeplant bos verschillen Gebruik de Shannon-index 5) Bereken de Simpson en de Shannonindex voor de bomen in ‘Ozark forest’ en vergelijk beide indices. Welke index houdt meer rekening met de soortenrijkdom en bij welke index weegt de evenness sterker door? 6) Bereken de beste schatting van de Simpson’s index voor de vissen in Black Creek.

Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices 2. Berekenen van diversiteitsindices 4) Ga na in hoeverre de diversiteit van vogels in een oorspronkelijk bos en een aangeplant bos verschillen. Gebruik de Shannon-index. met: pi het relatieve aantal geobserveerde individuen van de ide soort (ni/N)

Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices 2. Berekenen van diversiteitsindices 5) Bereken de Simpson en de Shannonindex voor de bomen in ‘Ozark forest’ en vergelijk beide indices. Welke index houdt meer rekening met de soortenrijkdom en bij welke index weegt de evenness sterker door? 6) Bereken de beste schatting van de Simpson’s index voor de vissen in Black Creek (jack-knifing) Bereken de bewuste index voor alle stalen samen (V) en bereken vervolgens de index met weglating van 1 staal (VJi). Reken nu VJi om in VPi Met: n het aantal stalen. Het gemiddelde van de verschillende VPi waarden is de beste biodiversiteitschatting.

Gemeenschaps- en systeemecologie (Ba3) Werkcollege Diversiteitsindices 3. Regionale vs. Lokale soortenrijkdom en latitudinale diversiteitsgradiënt 7) Beschrijf en verklaar de relatie tussen de lokale en regionale soortenrijkdom. Verklaar de relatie tussen het aantal meren dat geanalyseerd werd in een gebied en de regionale soortenrijkdom. Ga de relatie na tussen de breedtegraad en de lokale en regionale soortenrijkdom.