Datamodellering en –verwerking 8C020 college 9. Terugblik college week 8 Toepassingen van Petri-netten in bioinformatica Biologische schakelaars en oscillatoren.

Presentatie over: "Datamodellering en –verwerking 8C020 college 9. Terugblik college week 8 Toepassingen van Petri-netten in bioinformatica Biologische schakelaars en oscillatoren."— Transcript van de presentatie:

1 Datamodellering en –verwerking 8C020 college 9

2 Terugblik college week 8 Toepassingen van Petri-netten in bioinformatica Biologische schakelaars en oscillatoren – Repressilator

3 Onderwerpen college week 9 SQL Join Booleanse netwerken Motieven in biologische netwerken Oefeningen

4 INNER JOIN Keyword(keyword_id,word,…) KeywordGene(keyword_id,gene_id) Gene(gene_id, sequence,…) SELECT word FROM keyword WHERE keyword_id IN SELECT keyword_id FROM keywordGene WHERE gen_id IN SELECT gen_id FROM gene WHERE sequence LIKE “*ATTAGT*”

5 INNER JOIN Zonder Joins: SELECT Keyword.word, Gene.sequence FROM Keyword, KeywordGene, Gene WHERE Gene.sequence LIKE “*AAATTT*” AND (Keyword.keyword_id=KeywordGene.keyword_id) AND (KeywordGene.gene_id=Gene.gene_id)) Met Joins: SELECT Keyword.word, Gene.sequence FROM Gene INNER JOIN (Keyword INNER JOIN KeywordGene ON Keyword.id = KeywordGene.keyword_id) ON Gene.id = KeywordGene.gene_id WHERE (((Gene.sequence) LIKE "*AAATTT*"));

6 Petri-netten als Genetische (Regulatie) Netwerken g1g2 Inhibitie (Remmen) g1 g1’ g2 g2’ Activatie g1 g1’ g2 g2’ g1g2 t2,1 t1 t2,1 t1

7 Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken g2 g2’ g1 g1’ g3 g3’ t3,1 t1,2 t2,3 t3,1 t1 t2t3t1 g1g2 g3 Positieve terugkoppeling (Eind toestanden)

8 Petri-netten als Genetische Regulatie Netwerken g2 g2’ g1 g1’g3’ g3 g1g2 g3 Negatieve koppeling (oscillaties) t3,1 t1,2 t2,3 t3,1 t1 t2t3t1

9 Motieven (patronen) in netwerken met drie genen (Alon et al.) Bron: publicaties van Uri Alon

10 Motieven in echte biologische en random netwerken Bron: publicaties van Uri Alon

11 Types van Feed Forward Loop Netwerken Bron: publicaties van Uri Alon