Bepaling van de microbiële diversiteit op mariene sedimenten via DGGE profielen voor het bepalen van de mogelijke impact van antropogene activiteiten Howest.

Presentatie over: "Bepaling van de microbiële diversiteit op mariene sedimenten via DGGE profielen voor het bepalen van de mogelijke impact van antropogene activiteiten Howest."— Transcript van de presentatie:

1 Bepaling van de microbiële diversiteit op mariene sedimenten via DGGE profielen voor het bepalen van de mogelijke impact van antropogene activiteiten Howest Brugge Promotor: Stefanie Salliau ILVO Oostende Dhr. Johan Robbens Mevr. Lisa Devriese Charline Dobbelaere

2 Overzicht presentatie Inleiding Doel PCR-DGGE Impact zandextractie & baggerloswal Besluit Toekomst

3 Inleiding Veel antropogene activiteiten BDNZ. Impact milieu nagaan BDNZ

4 Inleiding Antropogene activiteiten BDNZ 4 zandextractiezones Baggeren noodzakelijk door getijdenwerking 5 baggerstort locaties

5 Inleiding Huidige ILVO monitoring: -Biologisch -Chemisch -Marien zwerfvuil -Gezondheid vissen Belang monitoring: behoud van gezond marien ecosysteem Nieuw: diversiteit in bacteriële gemeenschappen  aanvulling huidige monitoring

6 DOEL Evaluatie microbiële gemeenschappen op sediment  Impact zandextractie & baggerstorten nagaan Staalnamekaart sedimenten BDNZDGGE-fingerprint

7 Overzicht presentatie Inleiding Doel PCR-DGGE Impact zandextractiezone & baggerloswal Besluit Toekomst

8 DNA extractie & PCR DNA extractie Nested PCR: - Amplificeren 16S rRNA - Amplificatie V3 domein DNA stalen op DGGE PCR

9 Principe DGGE Denaturerende gradiënt gelelektroforese Op basis van sequentie Denaturerende agentia Gedenatureerd DNA  lagere mobiliteit GC-klem (40 bp)

10 DGGE fingerprint Overeenkomstige bacteriële groep Omgeving specifieke bacteriële groep Indicatie impact antropogene activiteit

11 Inleiding Doel PCR-DGGE Impact zandextractiezone & baggerloswal Besluit Toekomst Overzicht presentatie

12 Bacteriële biodiversiteit Baggerloswal Zandextractie zone Hoge bacteriële diversiteit op zandextractiezones & baggerloswallen Najaar hogere bacteriële diversiteit  bemoeilijkt visuele interpretatie & beïnvloed clustering

13 Zandextractie zone: -BUITEN RATEL Hoge biodiversiteit Verschil Noord en Zuid/Centraal locatie sedimentstalen Buiten RatelDGGE-patroon

14 Clusteringanalyse: Buiten Ratel- Centraal/Zuid Impact zones: BRC08 en BRC10  clusteren samen Intensieve zandontginning leidt tot sedimentverandering  invloed bacteriële diversiteit Verschil in bacterieel profiel tussen impactzones BRC08; BRC010 en referentie BRZR 07 Zandwinning kan een invloed hebben op bacteriële soortensamenstelling

15 Bagger: -Loswallen in Zeebrugge DGGE-patroonLocatie sedimentstalen Hoge biodiversiteit Visueel verschil in loswal LS1 (minder bandjes) dan LS2 en LZO

16 Bagger: -Loswallen in Zeebrugge sedimentstalen

17 Clusteringanalyse: Loswal LZO ZVL en LZO 01 hoog slibgehalte en zeer kleine gemiddelde korrelgrootte.  meest overlap in bacterieel patroon LZO 11 bevat geen fijne slibfractie Baggerstorten heeft in dit gebied impact op bacteriële diversiteit Meeste slib niet in het centrum van loswal, maar aan de rand  Invloed op bacteriële gemeenschap

18 Besluit Zeer hoge bacteriële diversiteit op sediment van BDNZ Bacteriële biodiversiteit op sedimenten najaar > voorjaar Clustering moeilijk door vele bandjes met verschillende intensiteit Sediment eigenschappen  specifieke bacteriële soorten. Zandwinning op de Buiten Ratel Zuid/Centraal  invloed op bacteriële soortensamenstelling Baggerstorting op LZO  heeft impact op aanwezige bacteriën.

19 Toekomst Methode in toekomst verfijnen Mogelijke aanpassingen:  onderdeel van huidige DGGE-gel selecteren en uitvergroten  werken met soort specifieke primers.  Metagenomics  NGS (m.o identificeren) Aangeraden: PCR-DGGE-methode parallel met een metagenomics aanpak uitvoeren op alle sedimenten op en rond zones met antropogene activiteiten  Zo nodige info voor toekomstige monitoring op basis van bacteriële gemeenschappen.

20 Bepaling van de microbiële diversiteit op mariene sedimenten via DGGE profielen voor het bepalen van de mogelijke impact van antropogene activiteiten Charline Dobbelaere