Master Bioinformatics (Bioinformatics & Systems Biolgy) Jaap Heringa Sanne Abeln Anton Feenstra

Big Ban of biological data

Van Gen naar Functie Genes mRNA Proteins Metabolites TERTIARY STRUCTURE (fold)‏ Metabolites

Onderzoek & Bioinformatica clinical trials (chdr) Model + Algorithme Wat gebeurt is nu de trends in het onderzoek, het analyseren en voorspellen met data van ........ Wees niet bang dat je geen baan krijgt! next generation sequencing (baseclear) mammaprint (agendia)

Opbouw Studie - Keuze Major Bioinformatics Major Systems Biology

Wat is Systeem Biologie? Hoe zou jij erachter komen hoe een radio werkt? Hoe komt een bioloog erachter hoe een radio werkt? We zouden het systeem willen begrijpen.

Wat is Systeem Biologie?

Wie komen studeren? Biologie Informatica Bioinformatica WO HBO Biologie Informatica Bioinformatica Master Bioinformatica Leer samenwerken met mensen uit verschillende disciplines

Opbouw Studie: vakken Vakken 4 vakken (24 ects) verplicht voor beide majors 3 vakken (18 ects) voor Bioinformatica 3 keuze vakken (18 ects) Stages Totaal 60 ects

Opbouw Studie - Jaar 1 gezamenlijk vak gezamenlijke start Bioinformatics & Systems Biology keuze moment Bioinformatics

Opbouw Studie - Jaar 1

Opbouw Studie - Jaar 1 door samenwerking is het programma goed “studeerbaar” in twee jaar. Keuzevakken kunnen goed ingepland worden

Opbouw studie: Keuzevakken Systems Biology Basic models in Systems Biology Advanced models in Systems Biology Artificial Intelligence Data mining techniques Genetic algorithms Neural Networks Statistics Statistical Genetics Statistical Models Biology Epigenetics Molecular physiology  Other interesting options Principles of Neuroscience Physical biology of the cell

Opbouw studie - Jaar 2 twee stages/afstudeervakken: Stageplekken: Minor: 18-24 ects Major: 36-42 ects Stageplekken: Bedrijf, Universiteit, Buitenland, Instituut, Lab, Ziekenhuis

Stageplekken Nederland, onder andere: VU (FEW/ FALW) VUmc LUMC CMBI UMCU UvA UU TNO MRC-Holland LUMC Philips Organon (Merck) Agendia Keygene Baseclear

Stageplekken Buitenland: Stockholm Bioinformatics Centre European Bioinformatics Institute, Hinxton, UK Deutsche Krebs Forchungs Zentrum, Heidelberg European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg INRIA Strasbourg Sloan Kettering Foundation NYC, USA LONI laboratory UCLA, USA Oakland University, NZ RIKEN Tokyo, Japan UMC Mineapolis (Ann Arbour), USA

Fundamentals of Bioinformatics clinical trials (chdr) Model + Algorithme next generation sequencing (baseclear) mammaprint (agendia)

Intoduction to Systems Biology

Algorithms in Sequence Analysis Dynamic Programming HMMs Alignment Tree Building http://zeus.few.vu.nl/programs/shmrwww/example/

Structural Bioinformatics Analysing protein structures Homology modeling ‘ab-initio’ prediction Protein Simulation

Bioinformatics for Translational Medicine Store, process, analyse, model, predict Combine exisitng knowledge, with patient data on expression and gene profile, and survival rate data, to make diagnonsis and understand disease.

Onderzoek in onze groep http://zeus.few.vu.nl/programs/shmrwww/example/

Onderzoek in onze groep

Onderzoek in onze groep Reversible oligomerization Irreversible fiber formation

Minor ... (voor Bachelor) .... komt eraan, waarschijnlijk in 2012/2013 2011/2012 We stellen een vakkenpakket samen voor HBOers die kan dienen als minor

Waarom een Master? kritisch denken - nieuw vakgebied overzicht zelf nieuwe methodes inschatten overzicht Onderzoek, papers doorgroei in bedrijfsleven! wat + hoe + waarom

Requirements HBO - Bioinformatica - geen extra eisen Aantoonbare ervaring in (Moleculaire) biology of Computer Science HBO - Bioinformatica - geen extra eisen Verplicht intake gesprek Kleine deficiënties bijwerken tijdens master (< 12 ects): Bijv: biologie, programmeren, wiskunde, statistiek Individuele begeleiding in bioinformatica groep

Waarom Bioinformatica in Amsterdam? Master Bioinformatica titel Geaccrediteerd! Diepte in “Bioinformatica” Sterk in Internationaal Onderzoek Veel contacten (stages) Midden in nieuwste ontwikkelingen Interdisciplinair Karakter “Dicht bij” Systeem Biologie Studenten met verschillende achtergronden Persoonlijke mentoring (VU) direct contact met docenten

Master Bioinformatics Jaap Heringa heringa@few.vu.nl Sanne Abeln s.abeln@few.vu.nl Anton Feenstra feenstra@few.vu.nl www.ibi.vu.nl/teaching