Master Bioinformatics

Presentatie over: "Master Bioinformatics"— Transcript van de presentatie:

1 Master Bioinformatics
(Bioinformatics & Systems Biolgy) Jaap Heringa Sanne Abeln Anton Feenstra

2 Big Ban of biological data

3 Van Gen naar Functie Genes mRNA Proteins Metabolites
TERTIARY STRUCTURE (fold)‏ Metabolites

4 Onderzoek & Bioinformatica
clinical trials (chdr) Model + Algorithme Wat gebeurt is nu de trends in het onderzoek, het analyseren en voorspellen met data van Wees niet bang dat je geen baan krijgt! next generation sequencing (baseclear) mammaprint (agendia)

5 Opbouw Studie - Keuze Major Bioinformatics Major Systems Biology

6 Wat is Systeem Biologie?
Hoe zou jij erachter komen hoe een radio werkt? Hoe komt een bioloog erachter hoe een radio werkt? We zouden het systeem willen begrijpen.

7 Wat is Systeem Biologie?

8 Wie komen studeren? Biologie Informatica Bioinformatica
WO HBO Biologie Informatica Bioinformatica Master Bioinformatica Leer samenwerken met mensen uit verschillende disciplines

9 Opbouw Studie: vakken Vakken
4 vakken (24 ects) verplicht voor beide majors 3 vakken (18 ects) voor Bioinformatica 3 keuze vakken (18 ects) Stages Totaal 60 ects

10 Opbouw Studie - Jaar 1 gezamenlijk vak gezamenlijke start
Bioinformatics & Systems Biology keuze moment Bioinformatics

11 Opbouw Studie - Jaar 1

12 Opbouw Studie - Jaar 1 door samenwerking is het programma goed “studeerbaar” in twee jaar. Keuzevakken kunnen goed ingepland worden

13 Opbouw studie: Keuzevakken
Systems Biology Basic models in Systems Biology Advanced models in Systems Biology Artificial Intelligence Data mining techniques Genetic algorithms Neural Networks Statistics Statistical Genetics Statistical Models Biology Epigenetics Molecular physiology  Other interesting options Principles of Neuroscience Physical biology of the cell

14 Opbouw studie - Jaar 2 twee stages/afstudeervakken: Stageplekken:
Minor: ects Major: ects Stageplekken: Bedrijf, Universiteit, Buitenland, Instituut, Lab, Ziekenhuis

15 Stageplekken Nederland, onder andere: VU (FEW/ FALW) VUmc LUMC CMBI
UMCU UvA UU TNO MRC-Holland LUMC Philips Organon (Merck) Agendia Keygene Baseclear

16 Stageplekken Buitenland: Stockholm Bioinformatics Centre
European Bioinformatics Institute, Hinxton, UK Deutsche Krebs Forchungs Zentrum, Heidelberg European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg INRIA Strasbourg Sloan Kettering Foundation NYC, USA LONI laboratory UCLA, USA Oakland University, NZ RIKEN Tokyo, Japan UMC Mineapolis (Ann Arbour), USA

17 Fundamentals of Bioinformatics
clinical trials (chdr) Model + Algorithme next generation sequencing (baseclear) mammaprint (agendia)

18 Intoduction to Systems Biology

19 Algorithms in Sequence Analysis
Dynamic Programming HMMs Alignment Tree Building

20 Structural Bioinformatics
Analysing protein structures Homology modeling ‘ab-initio’ prediction Protein Simulation

21 Bioinformatics for Translational Medicine
Store, process, analyse, model, predict Combine exisitng knowledge, with patient data on expression and gene profile, and survival rate data, to make diagnonsis and understand disease.

22 Onderzoek in onze groep

23 Onderzoek in onze groep

24 Onderzoek in onze groep
Reversible oligomerization Irreversible fiber formation

25 Minor ... (voor Bachelor) .... komt eraan, waarschijnlijk in 2012/2013
2011/2012 We stellen een vakkenpakket samen voor HBOers die kan dienen als minor

26 Waarom een Master? kritisch denken - nieuw vakgebied overzicht
zelf nieuwe methodes inschatten overzicht Onderzoek, papers doorgroei in bedrijfsleven! wat + hoe + waarom

27 Requirements HBO - Bioinformatica - geen extra eisen
Aantoonbare ervaring in (Moleculaire) biology of Computer Science HBO - Bioinformatica - geen extra eisen Verplicht intake gesprek Kleine deficiënties bijwerken tijdens master (< 12 ects): Bijv: biologie, programmeren, wiskunde, statistiek Individuele begeleiding in bioinformatica groep

28 Waarom Bioinformatica in Amsterdam?
Master Bioinformatica titel Geaccrediteerd! Diepte in “Bioinformatica” Sterk in Internationaal Onderzoek Veel contacten (stages) Midden in nieuwste ontwikkelingen Interdisciplinair Karakter “Dicht bij” Systeem Biologie Studenten met verschillende achtergronden Persoonlijke mentoring (VU) direct contact met docenten

29 Master Bioinformatics
Jaap Heringa Sanne Abeln Anton Feenstra