Ons onderzoek Waarom bioinformatica? Roos  biologisch/ medisch Inge  technisch Wat is onze onderzoeksvraag? • Hoe verschilt de aanwezigheid van cyanobacteriën.

Presentatie over: "Ons onderzoek Waarom bioinformatica? Roos  biologisch/ medisch Inge  technisch Wat is onze onderzoeksvraag? • Hoe verschilt de aanwezigheid van cyanobacteriën."— Transcript van de presentatie:

1 Ons onderzoek Waarom bioinformatica? Roos  biologisch/ medisch Inge  technisch Wat is onze onderzoeksvraag? • Hoe verschilt de aanwezigheid van cyanobacteriën en Escherichia coli op verschillende plaatsen en tijden in de Waal?

2 Ons onderzoek Hoe zijn we op deze onderzoeksvraag gekomen? Een aantal ideeën • Hoe zijn de vissen genetisch aangepast aan de vervuiling in de waal? • Huisplanten/ landplanten sterven bij een overvloed aan water, waterplanten echter niet. Wat is het gen dat dit mogelijk maakt is dit een algemeen gen voor alle waterplanten Soortenanalyse Overstroming riolen in Groesbeek

3 Hoe gaan we dat onderzoeken? Watersamples nemen • 3 keer over 4 maanden – 28 juni 2012 – 5 september 2012 – 22 oktober 2012 • 3 verschillende plekken in de Waal – Tussen de stenen – Aan het strandje – In de stroming Het protocol voor het nemen van de samples 1.voeg meteen 1.5 ml NaAc 3M toe 2.verzamel 15 ml water (in een falcon tube) 3.voeg 33 ml pure ethanol toe 4.vries in (-20C)

4

5

6 Hoe gaan we dat onderzoeken? • Sequenced (leve DNA Leiden) op 16s rRNA met behulp van de ion torrent • De resultaten werden ingestuurd naar MG-rast • opzoek naar E. coli en cyanobacteriën in de resultaten.

7 Resultaten Mg-rast

8 Onze ervaring Wat hebben we geleerd? • Werking van onderzoek • Beter overzicht van DNA • Metagenomics/ genomen • Hoe gaat een DNA-analyse precies in zijn werk. Waar liepen we tegenaan? • Soorten-/ functieanalyse • Sequencen duurde langer dan verwacht • DNA-kennis

9 Onze ervaring Wat was het leukst? • Het veldwerk Wat was bijzonder? • Het RNA uit onze zelf genomen samples bekijken