Praktijkvoorbeelden van fokprogramma’s met Genoomfokwaarden

Presentatie over: "Praktijkvoorbeelden van fokprogramma’s met Genoomfokwaarden"— Transcript van de presentatie:

1 Praktijkvoorbeelden van fokprogramma’s met Genoomfokwaarden

2 Genoomfokwaarden in de praktijk
Het gebruiken van genoomfokwaarden voor polygene kenmerken is nog maar in een beginstadium. Er zijn 2 voorbeelden waarbij het de bedoeling is om in de toekomst niet meer fenotypes te hoeven te verzamelen. Dus dat betekent dat voldoende merkers meegenomen moet worden om het hele genoom te dekken

3 genoomfokwaarde voor schofthoogte
In Zwitserland is een fokprogramma gemaakt voor het Franche-Montagne of Freiburger paard voor selectie op schofthoogte, op basis van genoom. Ca paarden van het ras zijn gegenotypeerd op een zgn. 50K SNP-chip dat zijn merkers De Freiburger is een lichte trekpaard grootste en kleinste paard in de studie signer-hassler et al., 2012

4 genoomfokwaarde voor schofthoogte
In de grafiek is de bijdrage van SNPs per chromosoom weergegeven (de zwarte balken). (bijdrage is in percentage verklaarde variantie) Bijna alle chromosome leveren een bijdrage Chromosoom1 heeft grootste bijdrage De som van alle effecten (=stippellijn) geeft aan dat de betrouwbaarheid van fokwaarde 70% is Dat is een nauwkeurigheid van fokwaarde van 84% De groene balken geven de bijdrage van 2 bekende genen: LCORL op chr3 en ZFAT op chr9. Samen hebben die een bijdrage van 18% deze genen zijn ook in de mens betrokken bij ververving van lichaamslengte

5 Genoomfokwaarde voor Osteochondrose

6 Wat is Osteochondrose (OC)
OC is een groeistoornis in botten bij jonge paarden. Abnormale groei van de uiteinden van de botten belemmert de beweging in de gewrichten en boteinden kunnen ook afbrokkelen. Dit kan leiden tot kreupelheid en gezwollen gewrichten en is vaak pijnlijk. OC kan in meerdere gewrichten optreden, maar met name in de sprong en knie geeft het problemen

7 Nadelen van gangbare selectie
OC is erfelijk en om tegen OC in meerdere gewrichten te selecteren is er een zgn. dierscore voor de selectie. Om vast te stellen of een paard OC heeft, moeten er van elk gewricht meerdere röntgenfoto’s gemaakt worden. Om een nauwkeurige fokwaarde voor hengsten te krijgen moeten er ca. 20 nakomelingen geröntgend worden. Nadeel is dus dat het een dure test voor een hengst. Je moet lang wachten voordat je de selectie-informatie hebt En wat moet er gebeuren met de veulens van afgekeurde hengsten?

8 genoomfokwaarde voor Osteochondrose
Het KWPN is begonnen met een referentiepopulatie van 3000 paarden (20 nakomelingen van 150 hengsten) aan te wijzen voor rontgen onderzoek. Deze paarden zijn ook gegenotypeerd met een SNP-chip van 60K (=60000 SNPs) Met deze gegevens is een voorspellingsvergelijking gemaakt, waarmee fokwaarden berekend kunnen worden op basis van genotype-informatie.

9 genoomfokwaarde voor Osteochondrose
Op basis van deze dataset is een voorspellingsvergelijking gemaakt, waarmee de gEBV berekend kan worden voor elk KWPN-paard Met 3000 paarden in de referentiepopulatie is de nauwkeurigheid van fokwaarde 0.67 Er is geen nakomelingenonderzoek meer nodig voor een nauwkeurige fokwaarde. Nu kunnen ook voor veulens en merries nauwkeurige fokwaarden bepaald worden, zonder een eigen fenotype of veel nakomelingen Daarmee is het nu mogelijk om ook in merries te selecteren en kan er op jonge leeftijd al beoordeeld worden of een paard geschikt is voor de fokkerij

10 genoomfokwaarde voor Osteochondrose
KWPN heeft met dit fokprogramma de primeur om als eerste stamboek in de wereld een volledig genoomselectie te hebben op een kenmerk Genoomfokwaarde voor OC-gezondheids (GFW), gepubliceerd door KWPN (maart 2019) 1e en 4e hengst scoren boven 100 en hebben een lagere kans in hun nakomelingen laatste 2 hengsten zitten iets onder gemiddelde

11 genoomfokwaarde voor Osteochondrose
In deze clip licht Bart Ducro van Wageningen University het genomic selection programma van KWPN toe