Workshop Bio-informatica Elizabeth Geurts Hogeschool Leiden

Wat is Bio-informatica? Biologisch onderzoek doen m.b.v. de computer DNA, RNA, eiwit Deze workshop gebruiken we geen computers, maar gaan we juist fysiek bekijken wat computers normaal gesproken voor ons doen. Op kleine schaal is het namelijk nog prima zelf te doen. http://freepages.genealogy.rootsweb.ancestry.com/ http://www-vis.lbl.gov/

Decoderen van DNA (translatie) DNA codeert voor eiwitten DNA bestaat uit 4 letters (A,T,C,G) 3 letters samen coderen voor een aminozuur Aminozuren samen vormen een eiwit http://www.dorlingkindersley-uk.co.uk/

Workshop Translatie Decodeer streng 4 m.b.v. de decoderingstabel F K J I H N M L P O U T S R Q ! – Z Y X W V Decoderingstabel Het juiste antwoord is: BIO-INF In het echt codeert DNA natuurlijk niet voor letters van het alfabet, maar voor 20 verschillende aminozuren. Die aminozuren samen vormen dan weer eiwitten. Zo’n korte streng van net is natuurlijk prima met de hand te doen, slechts 21 (kralen) bouwstenen van DNA . Maar een gen kan gemakkelijk uit 10.000 nt bestaan. Daar heb je computers voor. BIO-INF

Stambomen DNA is erfelijk Mensen die verwant zijn hebben DNA dat sterk op elkaar lijkt Ander gebied van bio-informatica. DNA wordt natuurlijk al langer doorgegeven dan alleen in de laatste paar generaties. Dat voert helemaal terug naar het begin van leven op aarde.

Stambomen en evolutie Gedurende de evolutie is DNA van organismen veranderd Door DNA te vergelijken kunnen we stambomen bouwen Hoe verwant is de Neanderthaler aan de mens? En de Chimpansee? Ander gebied van bio-informatica. Eerst plaatje bespreken: Eerst eencelligen, toen kreeftachtigen, vissen, amfibieen, reptiel en vogels, en zoogdieren, daarna apen en mensen. DNA is vanaf begin steeds doorgegeven (en veranderd).

Multiple Alignment Vergelijken van meerdere stukken DNA en zoveel mogelijk overeenkomsten vinden Demonstratie met DNA van mensapen Demonstratie van multiple sequence alignment in ClustalX en bouwen evolutionaire boom in TreeView met sequenties van mensapen.

Workshop Stambomen Vergelijk de 4 strengen met elkaar Welke lijken erg op elkaar, en welke niet? Ze hoeven niet allemaal links uit te lijnen! Laat de studenten een multiple sequence alignment uitvoeren, zoals ze het net gezien hebben in ClustalX

Workshop Stambomen - Resultaten Multiple Alignment met de computer ClustalX Treeview Nu voeren we de sequenties die jullie in kralenvorm voor je hebben, in ClustalX in om te kijken welke alignment eruit komt  Hetzelfde!

Programmeren > Voor x = kraal 1 t/m 21 Bereken de score van overeenkomst tussen streng 1 en streng 2 m.b.v. de volgende programmeercode: > Voor x = kraal 1 t/m 21 > Als kraal x van streng_1 = kraal x van streng_2 > Dan tel 1 punt > Als kraal x van streng 1 ≠ kraal x van streng 2 > Dan tel 0 punt Uiteraard kwam er hetzelfde uit, want ClustalX bedenkt niet zelf wat het moet doen. Het is een programma geschreven door mensen. Er wordt precies verteld, in programmeercode, wat het programma moet doen. Zo ziet code er ongeveer uit. Het is een hele formele taal: slechts op 1 manier te interpreteren.