De meeste bacteriën zijn zo'n 1–5 µm (0,001-0,005 mm) lang De meeste bacteriën zijn zo'n 1–5 µm (0,001-0,005 mm) lang. De grootte kan per soort echter nogal variëren. De parasitaire bacterie Rickettsia kan 0,1 μm (0,0001 mm) meten, terwijl de "zwavel-etende" reuzebacterie Thiomargarita namibiensis afmetingen tot 750 micrometer (0,75 mm) kan bereiken.
Onderscheid naar vorm coccen (bolvormige bacteriën), rond van vorm, bijvoorbeeld Streptococcus, Sarcina. bacillen: (staafvormig), bijvoorbeeld nitraatbacterie, pestbacterie. vibrionen (kommabacillen), gebogen staafjes in de vorm van een deel van een spiraal, bijvoorbeeld Vibrio cholerae. spirillen (spiraalbacteriën), spiraalvormige gewonden staafjes. Straalzwammen, (Actinomyceten), schimmelachtige vormen bestaande uit staafvormige onbeweeglijke cellen. Meestal met straalvormige vertakkingen van zeer dunne lange draden.
Onderscheid naar voedsel Autotroof; Cyanobacterien Fotosynthese Chemo-autotroof; vb. zwavelbacteriën, nitrificerende bacteriën Heterotroof
Onderscheid naar celwand De celwand van bacteriën is gemaakt van peptidoglycaan. Door middel van een Gram-kleuring kan zichtbaar worden gemaakt of deze laag dik of dun is. De celwand ligt naast het binnenin gelegen celmembraan. Bacteriën met een dikke wand van peptidoglycaan. Dit zijn de gram-positieve bacteriën. Gram-positieve bacteriën hebben meestal geen extra membraan aan de buitenkant van het omhulsel, maar een aantal soorten heeft wel een extra omhullend laagje.
Bacteriën met een dunne wand van peptidoglycaan Bacteriën met een dunne wand van peptidoglycaan. Dit zijn de gram-negatieve bacteriën, die gewoonlijk een extra membraan aan de buitenkant van het omhulsel hebben. Het buitenmembraan maakt deze bacteriën vaak ziekteverwekkend.
Onderscheid naar leefomgeving Temperatuur pH Osmotische waarde Zuurstofspanning Naar hun gevoeligheid voor zuurstofspanning worden bacteriën in vier groepen onderverdeeld: aeroob, facultatief anaeroob micro-aerofiel anaeroob