BIO-INFORMATICA OEFENZITTING 1: INFORMATION RESOURCES Deel I: Informatie over een menselijk gen Deel II: Het vinden van homologen m.b.v. BLAST Deel III.

Presentatie over: "BIO-INFORMATICA OEFENZITTING 1: INFORMATION RESOURCES Deel I: Informatie over een menselijk gen Deel II: Het vinden van homologen m.b.v. BLAST Deel III."— Transcript van de presentatie:

1 BIO-INFORMATICA OEFENZITTING 1: INFORMATION RESOURCES Deel I: Informatie over een menselijk gen Deel II: Het vinden van homologen m.b.v. BLAST Deel III. Het vinden van motieven in proteïnen Deel IV: Multiple Sequence Alignment

2 INTRODUCTION: FROM CHROMOSOME TO PROTEIN

3 Each human cell: 46 chromosomes (2x22 + 2)

4 Each chromosome: one long DNA double strand

5

6

7 SPLICING: INTRON EXCISION

8 Start codon AUG … Stopcodon: CDS: coding sequence

9 Transcriptional regulation: binding of transcription factors

10 Complex transcriptional initiation complex: Multiple binding motifs involved

11 Various gene variants may occur: share common ancestral gene in evolution “Homologous proteins” or “Protein neighbors”

12 Blast: searching for homologous sequences

13 ClustalW: multiple sequence alignment