Zoek de humane hemoglobine subunit beta op in de UniprotKB/Swiss-Prot databank. Wat is het accessienummer van dit eiwit? P68871.

Presentatie over: "Zoek de humane hemoglobine subunit beta op in de UniprotKB/Swiss-Prot databank. Wat is het accessienummer van dit eiwit? P68871."— Transcript van de presentatie:

1 Zoek de humane hemoglobine subunit beta op in de UniprotKB/Swiss-Prot databank. Wat is het accessienummer van dit eiwit? P68871

2 Zoek in ProSite een domein dat gelinkt is aan dit eiwit
Zoek in ProSite een domein dat gelinkt is aan dit eiwit. Globin Welke score krijgt dit eiwit? voor de beschrijving van het globine domein

3 Zoek in UniprotKB/Swiss-Prot het hemoglobine subunit beta eiwit op vand de volgende dieren en copieer in een tekstbestand de fasta-entry van deze eiwitten. >sp|P02062|HBB_HORSE VQLSGEEKAAVLALWDKVNEEEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFDSFGDLSNPGAVMGNPKV KAHGKKVLHSFGEGVHHLDNLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVVVLARHFGK DFTPELQASYQKVVAGVANALAHKYH >sp|P07412|HBB_FELCA GFLTAEEKGLVNGLWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSSADAIMSNAKV KAHGKKVLNSFSDGLKNIDDLKGAFAKLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGH DFNPQVQAAFQKVVAGVANALAHKYH >sp|P04244|HBB_PANPO MSFLSAEEKNLVSGLWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFQSFGDLSSADAIMSNAK VKAHGKKVLNSFSDGLKNIDDLKGAFAKLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFG HEFNPQVQAAFQKVVAGVASALAHRYH >sp|P02112|HBB_CHICK MVHWTAEEKQLITGLWGKVNVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAILGNPM VRAHGKKVLTSFGDAVKNLDNIKNTFSQLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLAAHFS KDFTPECQAAWQKLVRVVAHALARKYH >sp|P68873|HBB_PANTR MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPK VKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFG KEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH >sp|P07411|HBB_VULGR VHWSAEEKQLITGLWGKVNVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAIIGNPMV RAHGKKVLTSFGEAVKNLDNIKNTFAQLSELHCEKLHVDPENFRLLGDILIIVLAAHFAK DFTPDCQAAWQKLVRAVAHALARKYH >sp|P02070|HBB_BOVIN MLTAEEKAAVTAFWGKVKVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTADAVMNNPKVK AHGKKVLDSFSNGMKHLDDLKGTFAALSELHCDKLHVDPENFKLLGNVLVVVLARNFGKE FTPVLQADFQKVVAGVANALAHRYH >sp|P68871|HBB_HUMAN Dier Accessie Paard P02062 Kat P07412 Amur leopard P04244 Kip P02112 Chimpansee P68873 Andean condor P07411 rund P02070

4 Voer met deze eiwitten (+ het humane) een multiple sequentie alignering uit met ClustalW2.
→ Welke 3 paren zijn het meest gelijkaardig? Mens – chimpansee 100 Kat – amur leopard 94 Kip – andean condor 94 → Klopt dit met je verwachtingen? Ja, dit komt overeen met de evolutie. → Welke eiwitten zijn het meest divergent? Andean condor en koe

5 Ga naar de Pfam database
Ga naar de Pfam database. Zoek daar via het keyword ‘cox’ naar ‘cytochrome C oxidase copper chaperone’ (COX17).

6 Ga naar de Pfam database
Ga naar de Pfam database. Zoek daar via het keyword ‘cox’ naar ‘cytochrome C oxidase copper chaperone’ (COX17). Welk aminozuur verwacht je met grote kans te vinden op de posities 9 en 10?

7 Ga naar de Pfam database
Ga naar de Pfam database. Zoek daar via het keyword ‘cox’ naar ‘cytochrome C oxidase copper chaperone’ (COX17). Hoeveel humane eiwitten zijn er gekend die dit domein bevatten? 4

8 Ga naar de Pfam database
Ga naar de Pfam database. COX17 Welke secondaire structuur elementen kan je herkennen in de structuur van eiwitten met dit domein? Alfa – turn – alfa

9 Ga naar de Pfam database
Ga naar de Pfam database. Bekijk de alignering van alle sequenties met jalview. Welke posities zijn in deze alignering 100 % geconserveerd? 26 / 36 / 57 / 67

10 Ga naar de Pfam database. Kleur de sequenties volgens hydrofobiciteit
Ga naar de Pfam database. Kleur de sequenties volgens hydrofobiciteit. Is de regio tussen residue 21 en 25 eerder hydrofoob of hydrofiel? hydrofoob

11 Voer een blast zoektocht tegen de PDB uit met de sequentie uit het bestand model.txt dat op minerva staat.

12 Afgaande op de zoekresultaten, wat is een mogelijke functie van dit eiwit? Esterase Van de eerste vijf hints uit de zoekresultaten, wat is de beste template om een model te bouwen? En waarom? Tip: Ga de kwaliteit van de structuur na via de PDB-entry PDB-entry 1MX1 → heeft de hoogste resolutie PDB-entry Resolutie (Å) 1K4Y 2.5 1MX1 2.4 2DQY 3.0 1YA4 3.2 3K9B 3.1

13 Ga de kwaliteit van de gekozen template na met behulp van Molprobity
Ga de kwaliteit van de gekozen template na met behulp van Molprobity. Voeg de waterstofatomen toe aan de structuur en laat Asn/Gln/His flips toe. Werk daarna verder met de voorgestelde flips om alle atoomcontacten en de geometrie te analyseren. Welke residues vallen buiten de toegestane regio’s van het Ramachandran diagram? Om deze te bepalen kan je de multi-criterium tabel gebruiken Van deze residues, zijn er die zoiezo vaker voorkomen in de niet-toegestane regio’s van het Ramachandran diagram? En waarom? Glycine Dit residue geeft veel meer dan alle andere residues omdat het geen zijketen bezit. Chain Position Residue A 1339 Arg B 2357 Trp C 3185 Ser 3357 D 4253 F 6340 Asn 6484 Gly