SQL VOOR BIOLOGEN © 2011 M.L. Hekkelman CMBI Radboud UMC

Wat is SQL  SQL = Structured Query Language  Bedacht in de jaren ’70 bij IBM als tool voor managers  Gebruikt in RDBMS RDBMS = Relational Data Base Management System

Data opslag X_aa01,C. Elegans,13.5 X_aa02,C. Elegans,12.4 X_aa03,S. Cerevisiae,113.9 X_aa04,S. Cerevisiae,93.6 …

Data opslag MetingOrganismeResultaat X_aa01C. Elegans13,5 X_aa02C. Elegans12,4 X_aa03S. Cerevisiae113,9 X_aa04S. Cerevisiae93,6

Data opslag Tabel Experiment MetingTekst OrganismeTekst ResultaatGetal

Data opslag MetingOrganismeResultaat X_aa01C. Elegans13,5 X_aa02C. Elegans12,4 X_aa03S. Cerevisiae113,9 X_aa04S. Cerevisiae93,6 Redunante data!

Data opslag MetingOrganisme_nrResultaat X_aa01113,5 X_aa02112,4 X_aa032113,9 X_aa04293,6 NrNaam 1C. Elegans 2S. Cerevisiae Tabel Experiment Tabel Organisme

Data opslag Tabel Experiment MetingTekst Organisme_nrGetal ResultaatGetal Tabel Organisme NrGetal NaamTekst

Data opslag Tabel Experiment MetingTekst Organisme_nrGetal ResultaatGetal Tabel Organisme NrGetal NaamTekst  Meting is de unieke sleutel voor tabel Experiment  Nr is de unieke sleutel voor tabel Organisme  Meting en Nr noemen we Primary Keys  Organisme_nr is een Foreign Key

SQL – De taal SQL definitie bestaat uit drie onderdelen:  Data Definition Language (DDL) tabellen definiëren  Data Manipulation Language (DML) data toevoegen aan tabellen  Data Control Language (DCL) transacties

SQL – Data Definition Language  CREATE TABLE Organisme ( nrINTEGER PRIMARY KEY, naamVARCHAR );  CREATE TABLE Experiment ( metingVARCHAR PRIMARY KEY, organisme_nrINTEGER REFERENCES Organism(nr), resultaatNUMERIC(4,1) );

SQL – Data Manipulation Language  INSERT INTO Organism (nr, naam) VALUES ( 1, 'C. Elegans', 2, 'S. Cereviciae' );  SELECT naam FROM Organism WHERE nr = 1;  DELETE FROM Organism WHERE nr = 1;

Ontsluiten van de data  Data in een relationele databank kan gebruikt worden in andere programma’s. TaalMethode PerlDBD/DBI JavaJDBC, Hibernate PythonDB-API Diverse Windows applicatiesODBC

Perl DBI #!/usr/bin/perl use DBI; my $dbh = DBI->connect("DBI:Pg:dbname=mydb", "joe", "secret", {'RaiseError' => 1}); my $sth = $dbh->prepare("SELECT nr, naam FROM Organisme"); $sth->execute(); while(my $ref = $sth->fetchrow_hashref()) { print "$ref->{'nr'} is een $ref->{'naam'}\n"; } $dbh->disconnect();

Alternatieven voor SQL  Excel sheets  Makkelijk en bekend  Riskant door automatische data interpretatie (datum)  Beperkte hoeveelheid data  Kaartenbak programma’s als FileMaker  Makkelijk in gebruik voor niet programmeurs  Niet geschikt voor grote hoeveelheden data  Niet echt bruikbaar vanuit een script  Full Text indexeringssoftware als MRS (en Lucene?)  Snel voor zeer grote datasets  Niet relationeel  Geen echte datatypes, vooral gericht op tekst

Referenties  PostgreSQL Tutorial:  Perl DBI: