Voorkennistoets Bio-informatica week 3.1

CONCEPT 5.4 & MODULE BIOCHEMIE ST 1 & 2 (WWW.BIOPLEIN.NL) Eiwitten CONCEPT 5.4 & MODULE BIOCHEMIE ST 1 & 2 (WWW.BIOPLEIN.NL)

1. K? arginine aspartaat glutamaat lysine

2. K? Basisch Zuur Polair Apolair

3. K? hydrofoob hydrofiel

3. K? Hydrofoob Hydrofiel

4. Q? asparagine glutamine asparaginezuur glutaminezuur

5. Q? Zuur Basisch Polair Apolair

6. Welk van de onderstaande aminozuren is polair? alanine glycine serine valine

7. Welk van de onderstaande aminozuren is hydrofoob? leucine serine threonine asparagine

8. Welk van de volgende aminozuren kan GEEN zoutbrug (ionische interactie) vormen met asparaginezuur? arginine histidine lysine methionine

9. Welk van de volgende aminozuren kan zorgen voor disulfidebruggen in een eiwit ? alanine cysteïne methionine proline

10. Welk aminozuur zorgt voor een knik in de peptidebackbone? alanine cysteïne proline valine

DNA & chromosomen CONCEPT 5.5, 12.1, 16.1, 16.3

11. In de correcte schrijfwijze is de complementaire streng van AAATTGCTG: TTTAACGAC CAGCAATTT UUUAACGAC CAGCAAUUU

12. Hieronder zie je een basenpaar 12. Hieronder zie je een basenpaar. Welke bewering is JUIST over dit basenpaar? 1 = purine en 2 = pyrimidine 1 = pyrimidine en 2 = purine Beiden purines Beiden pyrimidines

De A De T De A en de T Alle vier 13. Stel ik heb een klein stuk DNA met de sequentie AGCT. Welk(e) nucleotiden heeft/hebben in de streng waarvan de sequentie hier is gegeven een vrije hydroxylgroep? De A De T De A en de T Alle vier

14. Hoeveel vrije fosfaatgroepen zijn er in het DNA uit de vorige vraag aanwezig? 2 4 8

15. Histonen hebben vooral… zure aminozuren basische aminozuren polaire aminozuren apolaire aminozuren

16. Genen bevinden zich vooral in het… euchromatine heterochromatine exochromatine intrachromatine

(17. Welk humaan chromosoom is groter: chromosoom 2 of 5?)

(18. Wat is de cytogenetische locatie van het CFTR-gen?) 7p21.3 7p31.2 7q21.3 7q31.2

(19. Een bacterieel chromosoom is…) Circulair Lineair Familiair Ryanair

20. Een humaan chromosoom heeft… 1 telomeer 2 telomeren 3 telomeren 4 telomeren

Genetica CONCEPT 14.1, 14.2, 14.4

21. In een gezin zijn zowel de vader als de moeder beide dragers voor de erfelijke ziekte Cystic Fibrosis. Hun twee kinderen lijden allebei aan de ziekte Cystic Fibrosis. Wat is de kans dat een volgend kind ook deze ziekte zal hebben? 25% 50% 75% 100%

22. Een man die een X-gekoppelde allel heeft, geeft dit door aan… al zijn dochters de helft van zijn dochters al zijn zonen de helft van zijn zonen

23. Genotype I-2? XBXb XBXB XBY XbY Kleurenblindheid (X-gekoppeld) I 4 3 2 1 I II III

24. Kans III-1 heterozygoot? 0,25 0,50 0,75 Kleurenblindheid (X-gekoppeld) 4 3 2 1 I II III

25. Kans III-3 homozygoot? 0,25 0,50 0,75 Kleurenblindheid (X-gekoppeld) 4 3 2 1 I II III

HOOFDSTUK 17 & MODULE BIOCHEMIE (ST 3) Van gen naar eiwit HOOFDSTUK 17 & MODULE BIOCHEMIE (ST 3)

26. Hoe noemen we de regio/sequentie van een gen waarin zich de aanhechtingsplaats voor RNA polymerase bevindt? De leader-sequentie De initiatie-regio De promotor-regio De regulator-regio

27. Hoe worden de coderende segmenten van een eukaryoot gen genoemd? Exonen Intronen Repliconen Autotronen

28. Stel een mutatie levert bij een gen een onwerkzame promotor op 28. Stel een mutatie levert bij een gen een onwerkzame promotor op. Wat kan dan niet meer binden? DNA-polymerase tRNA ribosoom RNA-polymerase

29. Welk(e) proces(sen) kan/kunnen er niet meer plaatsvinden bij het gen uit de vorige vraag? Replicatie Transcriptie Translatie Meerdere

30. De mutatie uit de vorige twee vragen… ligt stroomopwaarts van het ORF ligt stroomafwaarts van het ORF ligt in het ORF kan op meerdere plaatsen liggen

31. Alle onderstaande onderdelen bevinden zich in boodschapper RNA (mRNA), BEHALVE uracil startcodon stopcodon promotor Ze liggen allemaal in het mRNA!

P: DNA RBS: DNA P: RNA RBS: RNA P: DNA RBS: RNA P: RNA RBS: DNA 32. Bij monocistronische genen van bacteriën wordt het ORF voorafgegaan door een promotor (P) en een ribosoombindingsplaats (RBS). Op welk niveau doen deze hun werk? P: DNA RBS: DNA P: RNA RBS: RNA P: DNA RBS: RNA P: RNA RBS: DNA

Bovenste;  Onderste;  Bovenste;  Onderste;  33. Een mRNA met daarin de volgende sequentie 5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’ wordt afgeleid van het onderstaande deel van een gen: 5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’ 3’ TTTTTTTTTTTTTTT 5’ Dit betekent dat de ____________ streng de matrijs (template)-streng is en dat het gen wordt getranscribeerd van ____________ Bovenste;  Onderste;  Bovenste;  Onderste; 

44. Ergens in onderstaande DNA-sequentie begint een voor een eiwit coderend leesraam. Dit loopt door tot buiten de gegeven sequentie. Er is niet gegeven welke van de strengen de matrijsstreng is en welke de coderende. Echter, dit zou je zelf moeten kunnen uitvinden. Schrijf de sequentie van het mRNA vanaf het startcodon tot het einde van de gegeven sequentie op. 5’- AAAATGGAGCCGAAA – 3’ 3’- TTTTACCTCGGCTTT – 5’

45. Hieronder vind je een aantal gebeurtenissen die allemaal kunnen plaatsvinden in het coderende deel van een gen. Geef aan bij welke van deze gebeurtenissen sprake is van een frame shift mutatie. a.    een insertie van een base b.   een deletie van een base c.    een substitutie van een base d.   een insertie van twee opeenvolgende basen e.    een deletie van twee opeenvolgende basen f.     een substitutie van twee opeenvolgende basen g.   een insertie van drie opeenvolgende basen h.   een deletie van drie opeenvolgende basen i.     een substitutie van drie opeenvolgende basen De gebeurtenis(sen) die leidt/leiden tot een frameshift mutatie is/zijn: ….

46. Wat is waar? Een nonsense mutatie leidt altijd tot een verkort eiwit Een missense mutatie leidt altijd tot een verkort eiwit Een nonsense mutatie kan tot een verkort eiwit leiden Een missense mutatie kan tot een verkort eiwit leiden Beiden leiden altijd tot een verkort eiwit

47. Signaalpeptiden die zorgen dat een eiwit in het ER terecht komt, bevinden zich… altijd aan de N-terminale kant altijd aan de C-terminale kant aan een van beide kanten middenin het eiwit

48. Eiwitten die in het binnenste van de celkern hun werk moeten doen (zoals bijvoorbeeld RNA polymerase)… worden gesynthetiseerd in de celkern worden gesynthetiseerd in het cytosol en vervolgens de celkern in getransporteerd worden tijdens hun synthese naar het lumen van het ER getransporteerd en via het ER naar de celkern gebracht Worden eerst volledig gesynthetiseerd in het cytosol en vervolgens via het ER naar de celkern gebracht

49. In de sequenties van welk(e) eiwit(ten) heeft het zin om naar potentiële N-glycosyleringssites te zoeken? Bacterieel intracellulair eiwit Bacterieel extracellulair eiwit Eukaryoot mitochondrieel eiwit Eukaryoot extracellulair eiwit Meerdere van deze

50. Welke van de onderstaande sequenties bevat een potentiële N-glycosyleringssite (Asn-X-Ser/Thr)? NNST NNTS NSTS Meerdere

Expressieregulatie CONCEPT 18.1 & 18.2

51. Teken een bacterieel gen met daarin de volgende onderdelen: ORF (met startcodon en stopcodon) Terminator van transcriptie (kenmerken) RBS (consensus-sequentie) Promotor (consensus-sequentie)

52. Teken het E. coli tryptofaan-operon met daarin de volgende onderdelen: ORFs van alle genen Alle promotors Alle operators Alle RBS-en Alle terminators

53. Teken een eukaryoot gen dat getranscribeerd wordt door DNA pol II, het bijbehorende primaire transcript en het bijbehorende mRNA. Gebruik de onderstaande onderdelen. Vermeld ook wat er aan die onderdelen bindt. enhancer proximal control elements promotor (inclusief consensus-sequentie) exonen en intronen Splicesites poly-A signaalsequentie terminatieregio cap 5’UTR 3’UTR poly-A staart