De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

College 6: Regulatie van gen expressie Eukaryoten: Chromatine (Nucleosomen) Regulatie van genexpressie Two-Hybrid systeem DNA-bindingsmotieven in eiwitten.

Verwante presentaties


Presentatie over: "College 6: Regulatie van gen expressie Eukaryoten: Chromatine (Nucleosomen) Regulatie van genexpressie Two-Hybrid systeem DNA-bindingsmotieven in eiwitten."— Transcript van de presentatie:

1 College 6: Regulatie van gen expressie Eukaryoten: Chromatine (Nucleosomen) Regulatie van genexpressie Two-Hybrid systeem DNA-bindingsmotieven in eiwitten RNA processing (post transcriptionele processing)

2 Celcyclus

3 Interfase chromosomen Verschillende vormen van chromatine waarneembaar: 1.Heterochromatine - compacte structuur - 10% van totaal chromatine - transcriptioneel inactief - centromeren; telomeren 2.Euchromatine - minder compacte vorm - rest van chromatine - meeste transcriptioneel actief

4 Chromatine bestaat uit DNA en eiwit (histonen)

5 Histonen 5 klassen (H1b, H2a, H2b, H3 en H4)

6 Eigenschappen van histonen

7 DNA winding rond Histoncomplex: nucleosoom (10 nm) Nucleosoom omvat 200 bp DNA waarvan 147 bp DNA is gewikkeld om 1 histoncomplex (octameer)

8 DNA winding rond Histoncomplex (vervolg) - Histonen binden het DNA niet random maar lijkt afhankelijk van de aanwezige hoeveelheid A=T paren. - Een cluster van 2 of 3 A=T paren vergemakkelijkt compressie van de kleine groeve. - Verwijdering van 1 helix draai - Nucleosoom = 7-voud condensering

9 Histoncomplex

10 Post translationele modificatie Histon N- en/of C- terminale “staarten”: Histoncode (Lys en Arg)

11 Condenseren van eukaryotisch genomisch DNA (vervolg)

12 Histonstaarten maken condensatie mogelijk: Belangrijke rol Lys 16 van Histon 4 interactie met H2A en H2B van volgende nucleosoom Nucleic Acids Res March; 39(5): 1680–1691. The effects of histone H4 tail acetylations on cation-induced chromatin folding and self-association Abdollah Allahverdi, Renliang Yang, Nikolay Korolev, * Yanping Fan, Curt A. Davey, Chuan-Fa Liu, * and Lars Nordenskiöld *

13 Nucleosomen draaien in tot een 30 nm fiber: 100-voud condensering

14 Verdere condensering tot chromosoom structuur

15 Condensering DNA tot 700 nm structuur Mogelijke rol van Condensines in de condensering van DNA

16 Genexpressie Prokaryoten: - RNA pol. toegang tot promotoren - pos. en neg. regulatie (activatoren/repressoren) - Regulatie eiwitten weinig complex - Transcriptie en translatie gekoppeld Eukaryoten: - RNA pol. toegang tot promotoren beperkt chromatine structuur - vnl. pos. regulatie (activatoren) - Regulatie eiwitten complex (multimeren) - Transcriptie en translatie niet gekoppeld

17 Transcriptie verandering chromatine structuur (“remodelling”) rol van enzymen I. Covalente modificatie histonen: Activatie van transcriptie: HATs (histon acetyltransferases) acetyleren Lysine residuen in Histonen, hierdoor reductie van affiniteit van nucleosoom voor DNA Inactivatie van transcriptie: Deacetylering Transcriptie activatie

18 Decondenseren van eukaryotisch genomisch DNA Acetylering van Lysine 16 https://www.youtube.com/watch?v=nygyUMODV7Y

19 II. ATP afhankelijke “remodelling” Eiwitcomplexen die zorgen voor verwijderen of verplaatsen van nucleosomen SWI/SNF chromatin “remodelling” complex: zorgt voor hypersensitieve plaatsen op DNA en binding van transcriptiefactoren Transcriptie activatie (vervolg)

20 Transcriptie activatie (vervolg): yeast HO gene

21 Regulatie van genexpressie in eukaryotische cellen

22 - domein voor DNA binding - 1 of meer domeinen voor eiwit interactie (leucine zippers; helix-loop-helix) Regulatie van genexpressie in eukaryotische cellen (vervolg)

23

24 Regulatie van genexpressie in eukaryotische cellen: repressor

25 Galactose metabolisme in gist: regulatie GAL genexpressie GAL genen liggen verspreid over 3 chromosomen: vglb promotoren en UAS 6 enzymen *: galactose import en metabolisme: galactoseglucose * In gist is glucose kataboliet repressor van expressie GAL genen

26 Galactose metabolisme in gist: regulatie GAL genexpressie (vervolg) Start: galactose afwezig

27 Two-Hybrid systeem: studie naar eiwit-eiwit interactie Gebaseerd op Gal4p Gal4p bevat DNA bindingsdomein en activatiedomein:

28 Two-Hybrid systeem: Gal4p uit gist

29

30

31 Regulatie eiwitten: DNA bindingsdomeinen Zink vinger-achtig motief in Gal4P

32 Regulatie eiwitten: DNA bindingsdomeinen (vervolg) Helix-turn-helix Homeodomein

33 Regulatie eiwitten: domein voor eiwit-eiwit interactie Leucine zippers

34 Regulatie eiwitten: domein voor eiwit-eiwit interactie (vervolg) Helix-loop-helix

35 Post-transcriptionele modificatie

36 Vier typen Type I en II: - zelfsplitsend - geen ATP nodig - nucleofiel nodig voor uitknippen van intron Meeste introns niet zelfsplitsend - kost ATP - Spliceosoom nodig (groot eiwit complex) (type III) - Endonuclease nodig (type IV in tRNA) Typen introns

37 Type I intron

38 Type II intron

39 Rol Spliceosoom bij verwijderen van type III introns Spliceosoom is opgebouwd uit: - 5 snRNAs (U1, U2, U4, U5 en U6) - eiwitten Ribozym (aanwijzingen hiervoor) Type III intron / Spliceosoom UG 5’ AU 3’ 3’ splice site: poly pyrimidines (U en C)

40 1. Keuze polyA plaats Alternatieve processing van primair RNA transcript (1)

41 Een combinatie van 1 en 2 komt ook voor. 2. Alternatieve “verbind” patronen Alternatieve processing van primair RNA transcript (2)


Download ppt "College 6: Regulatie van gen expressie Eukaryoten: Chromatine (Nucleosomen) Regulatie van genexpressie Two-Hybrid systeem DNA-bindingsmotieven in eiwitten."

Verwante presentaties


Ads door Google