De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

De presentatie wordt gedownload. Even geduld aub

Microbiologie wie ziet nog klaar? Prof.dr. G. Verschraegen UZ Gent.

Verwante presentaties


Presentatie over: "Microbiologie wie ziet nog klaar? Prof.dr. G. Verschraegen UZ Gent."— Transcript van de presentatie:

1 Microbiologie wie ziet nog klaar? Prof.dr. G. Verschraegen UZ Gent

2 - nieuwe bacteriën, nieuwe namen - opinie omtrent toestellen - nieuwe richtlijnen antibiogram NCCLS

3 Geen echte officiële instantie die namen geeft of goedkeurt Wel regels voor internationale nomenclatuur van bacteriën Naamveranderingen Bacterien

4 J. P. Euzéby : Nomenclatuur enterobacteriaceae

5 Eenvoudig voorbeeld: mengsel van E. coli en S. aureus namen van deze kiemen zijn reeds heel oud en standvastig door de tijd: E. coli (1919), S. aureus (1884) Bacteriële naamgeving: …..eeuwenoud

6 Bacteriële naamgeving: ….. of piepjong Continu worden nieuwe species beschreven: Enkele voorbeelden gepubliceerd in mei-nr. van International Journal of Systematic and Environmental Mircrobiology: (en hoe ze ontdekt werden) Mycobacterium saskatchewanens (klinisch isolaat geïdentificeerd door 16S rRNA gene sequencing) Pseudomonas antarctica sp. nov., Pseudomonas meridiana sp. nov. and Pseudomonas proteolytica sp. nov. (stammen geisoleerd uit de Poolzeeën. Identificatie en discriminatie aan de hand van zowel fenotypische als genotypische methoden..) Pseudomonas lutea sp. nov. (stammen die fosfaat oplosbaar maken geïsoleerd uit de wortels van planten, identificatie gebaseerd op 16S rRNA gen sequencing) Paenibacillus lactis (identificatie dmv fenotypie en genotypie van isolaten uit verse melk)

7 Bacteriële naamgeving: ….. aanpassend aan nieuwe kennis door de tijd Streptococcus adjacens (Bouvet et al. 1989) Abiotrophia adiacens (Kanamura et al. 1995) Granulicatella adiacens (Collins et al. 2000) 16S rRNA gen sequentie vergelijk. 16S rRNA gen sequencing, cluster analyse met groter aantal stammen

8 Erwinia herbicola Enterobacter agglomerans (Beje et al., 1988) Pantoea agglomerans (Gavini et al., 1989) Erwinia milletiaeEnterobacter agglomerans = = Ondanks de verschillende kenmerken gelegen aan isolatieplaats zijn ze allen hetzelfde species Bacteriële naamgeving: ….. synoniemen & wijziging Verwantschapsanalyse met genotypische technieken toont dat ze een aparte group zijn van de andere Enterobacters

9 Bacteriële naamgeving: ….. evolutie binnen een genus Klebsiella K. granulomatis K. oxytoca K. pneumoniae subsp. ozaenae subsp. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis K. trevisanii = K. planticola K. ornithinolytica K. terrigena genus Raoultella R. planticola R. ornitholytica R. terrigena (nieuw heel recent species) (species met vaste naamgeving)(synoniem) splitsing genus (drie species in apart genus) Klebsiella variicola

10 Is nog een probleem 70 jaar oud gebruik >2500 serotypes, elke naam een species bv. S. typhimurium DNA-DNA hybridizatie : 5 (8) evolutionaire groepen in genus sterk verwant aan mekaar  1 species: choleraesuis  > enterica. Choleraesuis echter ook serotype: verwarrend! Tendens: S. enterica (met 6 subspecies: salamae, houtenae, enterica, indica, arizonae, diarizonae) Of toch 2 de species S. bongori? Salmonella

11 Serotypes als species: - S. enteritidis - S. serovar Enteritidis - S. ser. Enteritidis - S. Enteritidis - Serovar veranderen in serotype Verschillende instanties  verschillende schrijfwijzen : S. enterica subsp enterica serovar Typhimurium serotypes

12 Meeste laboratoria werken met beperkt gamma antisera  meest voorkomende groepen bv. S. serogroep B, D… Verdere uitwerking in referentielab bv. Salmonella serotype Typhimurium Laborapporten salmonella

13 Plesiomonas van Vibrionaceae naar Enterobacteriaceae Citrobacter : diversus en koseri “subjectieve” synoniemen Enterobacter of Pantoea agglomerans? Klebsiella ornithinolytica, terrigena en planticola  Raoultella Klebsiella pneumoniae subsp ozaenae Klebsiella pneumoniae subsp rhinoscleromatis Klebsiella oxytoca Calymatobacterium granulomatis  Klebsiella granulomatis Enterobacteriaceae

14 Moeilijk te differentiëren: Citrobacter freundii complex Enterobacter agglomerans complex Klebsiella pneumoniae complex

15 S. aureus subsp aureus anaerobius S. hominis subsp novobiosepticus hominis S. cohnii subsp cohnii urealyticus S. saprophyticus subsp saprophyticus bovis S. schleiferi subsp schleiferi coagulans Staphylococcen

16 S. sanguis en sanguinis S. bovis en agallolyticus S. milleri en S. anginosus groep (anginosus, constellatus, intermedius) Streptococcen

17 Oude pseudomonas  Burkholderia Stenotrophomonas (ex-Xanthomonas) Comamonas Shewanella Ralstonia Methylobacterium Sphingomonas Acidovorax Brevundimonas Delftia Pandoraea Nonfermenters

18 Agrobacterium radiobacter  Rhizobium Pseudomonas paucimobilis  Sphingomonas Flavobacterium multivorum  Sphingobacterium P. putrefaciens, Alteromonas, Achromobacter, Ib  Shewanella Weeksella zoohelmcum  Bergeyella zoohelcum Flavobacterium odoratum  Myroides odoratus Odoratimimus Comamonas acidovorans  Delftia acidovorans Naamwijzigingen

19 Current classification of selected Pseudomonas rRNA homology group II to V organisms which have been recovered from humans IIPseudomonas cepacia Burkholderia cepacia complex genomovar I: B. cepacia genomovar II: B. multivorans genomovar III (unnamed species) genomovar IV: B. statute genomovar V: B. vietnamiensis genomovar VI (unnamed species) genomovar VII: B. ambifaria genomovar VIII: B. anthina genomovar IX: B. pyrrocinia Pseudomonas gladioli Burkholderia gladioli Pseudomonas cocovenenans Burkholderia gladioli Pseudomonas mallei Burkholderia mallei Pseudomonas pseudomalleiBurkholderia pseudomallei Burkholderia thailandensis Pseudomonas Former species Current species rRNA homology designation designation group

20 Current classification of selected Pseudomonas rRNA homology group II to V organisms which have been recovered from humans IIPseudomonas (Burkholderia) pickettii Ralstonia pickettii Pseudomonas pickettii biovar 3/'thomasii’ Ralstonia mannitolilytica IIIPseudomonas (Comamonas) acidovorans Delftia acidovorans Pseudomonas testosteroni Comamonas testosteroni Pseudomonas delafieldii Acidovorax delafieldii Pseudomonas facilis Acidovorax facilis IVPseudomonas diminuta Brevundimonas diminuta Pseudomonas vesicularisBrevundimonas vesicularis VPseudomonas (Xanthomonas) Stenotrophomonas maltophilia maltophilia Stenotraphomonas africana Pseudomonas Former species Current species rRNA homology designation designation group

21 Vd-3:Rhizobium radiobacter IIk-1:Sphingomonas paucimobilis IVd: Peudomonas-like groep 2 EF-1:Herbaspirillum species 3 IIk-2:Sphingobacterium multivorum Letters en cijfers Ib: Shewanella IIj: Bergeyella zoohelmcum M4:Oligella urethralis IVe:Oligella ureolytica Vd 1 en 2 : Ochrobactrum

22 Chlamydia pneumoniae en psittaci  Chlamydophila Ehrlichia phagocytophila  Anaplasma phagocytophilum Rickettsia tsutsugamushi  Orientia Anaërobe Gram-negatieve staven: Prevotella, Porphyromonas Bacteroides forcythus  Tannerella forcythensis Fusobacterium alocis  Filifactor alocis Fusobacterium sulci  Eubacterium sulci Anaërobe Gram-positieve : strepto: Finegoldia Atopobium Staven: Eubacterium  Colinsella Actinomyces pyogenes  Arcanobacterium Naamveranderingen

23 (DF-1) : Capnocytophaga ochracea (DF-2) : Capnocytophaga canimorsus Kingella indologenes: Sutonella Tropheryma whippelii  T. whipplei Pasteurella haemolytica  Mannheimia Nutrioneel variant streptococcen: Abiotrophia defectiva Adiacens en elegans  Granulicatella Stomatococcus mucilaginosus : Rothia mucilaginosa Andere

24 Identificatie: Benefiet voor labo en/of ZH Steun van instelling Sneller resultaat en beter voor patiënt Gegevens om op te beslissen Welk type financiering Aankoop toestellen

25 Niet te vroeg kopen : kinderziekten Wachten op publicaties peer reviewed journals ID en AB OK Duur test Kostprijs kwaliteitscontrole inbegrepen Houdbaarheid, stockageplaats, leveringsmodaliteiten Epidemiologische programma’s Link apotheek, andere Rapporten OK Accurate resultaten Toestellen technisch

26 Koppelbaar aan lab-computer, uni-, bi-directioneel Service 24/24 365/365 Uitbreidbaar Oefentijd Service contract en prijs Benodigdheden: tafel, stopcontacten Updates software kosteloos Toestellen fabrikant

27 Gaan kijken bij gebruikers Combinatie identificatie en AB Wat niet in software zit kan er niet uitkomen Citrobacter braakii missen in database is gering probleem  > sakazakii Snel antwoorden = vaak forceren bv. inoculum dikker Nog steeds problemen Toestellen advies Database entries of the Enterobacteriaceae (human isolates/ (Continued) Vitek MicroScan OrganismAPI20E, BBL IDS RaplD GNI, GNI+, version 4.0 Crystal onE, version version version version R8.03 R8.03 Enterobacter agglomerans groupXXXXX (six spp.)X Enterobacter amnigenus group 1 XXXX XX (groups 1XXX (1 andX and 2) 2) Enterobacter amnigenus group 2 XXXX XX (groups 1XXX (1 andX and 2) 2) Enterobacter asburiae X X XXX XXXXXX (E. cloacae) ID-GNB, version R02.03 ID 32E, version 1.0 MIDI, version 4 Conventional, version Biolog," version 6.01 Rapid, version 22.28

28 Vergelijkingspunt bv. NCCLS met kwaliteitscontrole stammen, stammen met gekende R-mechanismen, reeks stammen in spectrum van AB Aanvaardbaar: categorie overeenkomst > 89.9% Major verschil >=3% op de gevoelige stammen Very major verschil: als een functie van het totaal aantal resistente MO getest <=7.5% en 1.5% met 95% confidentie limiet <10% van elk genus getest Wat niet kan gehaald worden moet door de fabrikant op de bijsluiter worden vermeld met aanraden van andere methode Toestellen aanvaardbare werking

29 Mechanisch betrouwbaar Accreditering standaardisatie inoculum Automatisatie Vermijden overschrijffouten Cumulatieve AB resultaten Link met voorschrift AB  snelle check Expert software mogelijk Toch steeds door microbioloog verifiëren Toestellen Voordelen

30 Geen echte volledige automatisatie Manueel inoculum Hardware duur, duurder dan manuele testen Onderhoudscontract 1 producent, weinig flexibiliteit, andere systemen in stand te houden vermits niet goed voor alle MO bv pneumococcen toestellen steeds in evolutie  eigen performantie moeilijk na te gaan Toestellen Nadelen

31 Enterococcen: vanB en high level genta en strepto geven problemen Staphylo: oxa-R te veel of te weinig Aztreo valselijk R proteus en morganella Valse carbapenem R Toestellen: enkele voorbeelden

32

33

34 FDA-approved molecular diagnostic tests for infectious diseases Test Method/manufacturer C. trochomatis detectionHybridization/Gen-Probe; LCR/Abbott;PCR/Roche; Hybrid capture/Digene;SDA/Becton Dickinson N. gonorrhoeae detectionHybridization/Gen-Probe; LCR/Abbott; SDA/Becton Dickinson; Hybrid capture/ Digene C. trachomatis and N. gonarrhoeae multiplexPCR/Roche; TMA/Gen-Probe Culture confirmation for Mycobacterium sppHybridization/Gen-Probe Culture confirmation for fungi and bacteria“Hybridization/Gen-Probe Detection of group A streptococcusHybridization/Gen-Probe HCV detectionRT-PCR/Roche Methicillin-resistant S. aureus detectionCycling probe technology/ID Biomedical HIV quantitation (standard or ultrasensitive)RT-PCR/Roche; NASBA/bioMerieux HIV resistance genotypingCLIP sequencing/Visible Genetics HPV detectionHybrid capture/Digene M. tuberculosis detectionTMA/Gen-Probe; PCR/Roche Gardnerella, Trichomonas, and Candida detectionHybridization/Becton Dickinson CMV detectionHybrid capture/Digene; NASBA/bioMerieux a Fungi include B. dermatitidis, C. immitis, Cryptococcus neoformans, and H. capsulatum. Bacteria include Campylobacter spp., Enterococcus spp., group A streptococcus, group B streptococcus, H. influenzae, N. gonorrhoeae, S. pneumoniae, S. aureus, and L. monocytogenes.

35 Bioterrorisme: Y. pestis B. anthracis B. mallei B. pseudomallei  referentielabo niet bespreken Laatste wijzigingen antibiogram volgens Nccls

36 Niet bespreken ---- op te vragen: Table 2 I: Vibrio cholerae Table 3 B: Reference Guide to QC Testing frequency Table 7: Listeria spp. en N. meningitidis  referentielabo Listeria ampi<= 2 µg/mL = S Table 8: check identificatie  -> antibiogram bv. S. maltophilia imipenem-S, cotrim-R

37 Tentatief voor 1 jaar Telithromycine toegevoegd in aantal tabellen Rifampine  -> G+: niet in monotherapie LV: niet rapporteren want niet keuze-preparaat Perorale producten 1 ste en 2 de generatie cefalo (uitz. Cefur sodium) clinda macroliden tetracyclines FQ Algemene opmerkingen

38 Salmonella, Shigella: niet rapporteren: aminoglycosiden Salmonella: : 1 ste en 2 de gen. Cefalo Extra-intestinale isolaten: nalidixine-R = klinisch Falen FQ Meer commentaren naar clinicus: bv. P. aeruginosa en neutropenie of ernstige infectie Max. dosis AP-PEN of CAZ + aminoglycoside Waarschuwingen

39 Salmonella … (disk en dilutie) Probleem van ESBL: - E. coli - K. pneumoniae - K. oxytoca - Voor andere MO niet gevalideerde methode ESBL cefepime Enterobacteriaceae

40

41

42

43

44

45

46

47 P. aeruginosa en Acinetobacter spp. + B. cepacia : cefta, mero, mino 20-24u incubatie ipv 16-18u + S. maltophilia : mino, levo, cotrim Andere: dilutiemethode Cefta: R I S P. aeruginosa =18 B. cepacia =21 Mero P. aeruginosa =16 B. cepacia =20 Nonfermenters: disk diffusie

48 Telithromycine: R I S =22 waarschuwen: oxa-R SA en CNS: alle bètalactam inactief R I S Oxa SA =13 MIC =4 CNS = Oxa-S: bètalactam rapporteren zoals bekomen Cefoxitine 30µg disk: gewone aflezing: R I S =18 predictie mecA: =20 incub 24u =25 Stafylococcen

49 Macroliden: SA en CNS constitutief MLS B Induceerbaar Efflux: M Nog geen QC stammen beschikbaar Stafylococcen op bloedagar clinda wsch R 15-26mm CLINDA ERYTHRO clinda erythro 2µg 15µg

50 MIC >= 4 µg/mL: stam doorsturen naar ref labo OXA  > CNS: S. epidermidis : afleescriteria en mec A correleren goed S. lugdunensis, S. saprophyticus : te veel R: MIC 0.5 à 2µg/mL  mec A en PBP2a bepalen : indien negatief = Oxa-S andere bètalactams volgens afleescriteria MIC >= 4µg/mL met mecA of PBP2a negatief = OXA-R Stafylococcen

51 Voorspelbaar: E. faecalis ampi-S = imi-S Waarschuwing: Cefalo’s, amino (tenzij HLR) clinda, cotrim: niet rapporteren. In vitro-S, in vivo-R (peni of ampi) + amino meestal nodig voor ernstige infecties zoals endocarditis vanco voor ernstige infecties + amino meestal aangewezen Enterococcen

52 Telithromycine R I S =19 ter herinnering: oxa 1 <= 19 : meer MIC bepalingen uitvoeren MIC: amox, amox-clav: enkel non-meningitis criteria Cefotax – ceftriax- cefepime: 2 afleescriteria!!!: non- meningitis en meningitis Pneumococcen

53 Geen wijzigingen Bèta grote kolonies A, C, G en B en bèta kleine kolonies (anginosus – ex-milleri): verschillende afleescriteria!!! Bèta kleine zie S. viridans S. viridans : geen afleescriteria in diameters: MIC doen Herhaling: identificatie noodzakelijk voor juiste AB techniek of aflezing Andere Streptococcen

54 QC stam voor amox-clav: E. coli ATCC Telithromycine R I S =15 Haemophilus spp

55 Members of the family Enterobacteriaceae with expected resistance to commonly tested antimicrobial agents Organism(s) Antimicrobial agent(s) to which resistance is expected Citrobacter, Enterobacter, Klebsiella, Morganella, Providencia, Proteus vulgaris, Proteus penneri, Serratia,Yersinia Ampicillin Citrobacter freundii, Enterobacter, Morganella, P. vulgaris, P. penneri, Providencia, Serratia, Yersinia Cefazolin, cephalothin Klebsiella Ticarcillin C. freundii, Enterobacter, Serratia Cefbxitin, cefotetan C. freundii, Enterobacter, P. vulgaris, Serratia Cefuroxime 'Citrobacter, Enterobacter, Serratia Amoxicillin-clavulanic acid, ampicillin-sulbactam Artificiele Intelligentie

56 Susceptibility test results that may indicate cross-resistance to other antimicrobial agents Antimicrobial agents Organism Primary resistance Associated resistance Staphylococcus Oxacillin Methicillin, cloxacillin, dicloxacillin, nafcillin, other penicillins,  -lactam-  -lactamase inhibitor combinations, cephems and carbapenems Gentamicin Other aminoglycosides Penicillin (j3-lactamase positive) Ampicillin, amoxicillin, azlocillin, carbenicillin, mezlocillin, piperacillin, ticarcillin Erythromycin Azithromycin, clarithromycin Ciprofloxacin Ofloxacin, levofloxacin Members of the family Enterobacteriaceae, Gentamicin Tobramycin Pseudomonas aeruginosa Amikacin Gentamicin, tobramycin Ciprofloxacin Ofloxacin, levofloxacin Klebsiella spp., Escherichia coli Ceftazidime Cefotaxime, ceftriaxone, ceftizoxime, aztreonam Cefotaxime Ceftazidime, ceftriaxone, ceftizoxime, aztreonam Enterococcus spp. High levels of gentamicin High levels of tobramycin, high levels of amikacin

57

58

59 Oud probleem: cefur sodium  > axetil Telithromycine R I S Stafylo =22 Haemophilus =15 Pneumo = 19 3x verschillend medium 3x verschillende QC stammen en verschillende limieten Van theorie naar praktijk (1)

60 Zelfde QC stam Verschillende voedingsbodems Verschillende limietwaarden Bv. E.coli ATCC en amox/clav: MH: 4/2 16/8 HTM 16/2 64/2 Amox: >= 256 Kan plasmide verliezen Van theorie naar praktijk (2)

61 Zeer complex Hoe complexer hoe meer kans op fouten Zonder juiste identificatie geen juiste gevoeligheidsbepaling Hoe meer belang de identificatie krijgt hoe langer vooraleer antibiogram Het bos en de bomen En wat met accreditering Eindbeschouwingen


Download ppt "Microbiologie wie ziet nog klaar? Prof.dr. G. Verschraegen UZ Gent."

Verwante presentaties


Ads door Google